Bên cạnh 05 vấn đề được tiếp thu liên quan đến khoanh định khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia; về hồ sơ đề nghị phê duyệt, điều chỉnh khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia; về các loại dự án phát triển trên mặt tại khu vực có khoáng sản đã khoanh định là khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia; về trách nhiệm của các Bộ, cơ quang ngang Bộ; về điều kiện bảo đảm nguồn nhân lực, tài chính thi hành Nghị định trong dự thảo Tờ trình Chính phủ, Bộ TN&MT đã báo cáo giải trình Chính phủ về dự thảo Nghị định của Chính phủ về quản lý khoáng sản ở các khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia, Bộ TN&MT đã giải trình 02 nội dung chính của dự thảo liên quan quan đến bồi thường thiệt hại khi thu hồi dự án phát triển trên mặt và kiểm soát thủ tục hành chính.
Cụ thể, về bồi thường thiệt hại khi thu hồi dự án phát triển trên mặt (Điều 11), Bộ Tài nguyên đã rà soát nội dung liên quan và đề nghị giữ nguyên quy định như dự thảo, do các khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia được khoanh định với mục tiêu dự trữ khoáng sản lâu dài cho phát triển kinh tế-xã hội, thông thường trường hợp đưa ra khỏi khu vực dự trữ để bổ sung quy hoạch thăm dò, khai thác (điểm a khoản 2 Điều 5) chỉ xảy ra khi hết thời gian dự trữ. Trường hợp đặc biệt, cần đưa ra khỏi khu vực dự trữ trước thời hạn đã xác định là trường hợp để phục vụ cho mục đích quốc phòng, an ninh hoặc dự án quan trọng quốc gia (điểm b khoản 2 Điều 5), và trong trường hợp này nhà nước mới đền bù thiệt hại cho chủ đầu tư dự án trên mặt khi bị thu hồi trước thời hạn. Về nguyên tắc, khi hết thời gian dự trữ đã công bố thì thời gian hoạt động của các dự án trên mặt trong khu vực dự trữ cũng hết thời hạn.
Tuy nhiên, Bộ Tài nguyên và Môi trường đề nghị vẫn giữ quy định việc nhà nước không đền bù trong trường hợp như quy định tại khoản 2 Điều 11 vì trong thực tế vẫn có trường hợp nhà đầu tư muốn thực hiện dự án trên mặt mà vẫn chấp nhận rủi ro, 4 ngoài ra cũng có thể xảy ra trường hợp cơ quan có thẩm quyền cấp thuận đầu tư dự án trên mặt không chú ý đến thời gian dự trữ. Do đó, việc quy định như trong dự thảo Nghị định là để tránh thiệt hại cho nhà nước.
Về kiểm soát thủ tục hành chính, nội dung dự thảo Nghị định có một số quy định liên quan đến hồ sơ, trình tự, thủ tục (Điều 4, Điều 10).
Tuy nhiên, các quy định này được thực hiện giữa các cơ quan nhà nước với nhau, không thuộc phạm vi điều chỉnh của về kiểm soát thủ tục hành chính theo quy định của quy định tại Luật Ban hành văn bản QPPL năm 2015, Nghị định số 63/2010/NĐ-CP ngày 08/6/2010 của Chính phủ về kiểm soát thủ tục hành chính (được sửa đổi, bổ sung một số điều tại Nghị định số 48/2013/NĐ-CP ngày 14/5/2013 và Nghị định số 92/ 2017/NĐ-CP ngày 07/8/2017 của Chính phủ).
Ngoài ra, các nội dung khác đề nghị xin ý kiến Chính phủ liên quan đến vấn đề thời gian dự trữ khoáng sản quốc gia; vấn đề thu hồi khoáng sản trong phạm vi dự án phát triển trên mặt tại khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia...
