Với đặc điểm phần lớn các mỏ khai thác khoáng sản là những mỏ có quy mô nhỏ, nằm ở những khu vực có địa hình phức tạp, xa các khu trung tâm. Các đơn vị khai thác khoáng sản đa phần cũng là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, thiếu năng lực về thiết bị kỹ thuật và vốn; kinh nghiệm còn hạn chế, công nghệ khai thác chủ yếu là thủ công kết hợp với cơ giới, thiếu cán bộ có trình độ, chuyên môn sâu; công suất khai thác không lớn, thị trường tiêu thụ và giá khoáng sản thường không ổn định… Để thực hiện yêu cầu của các Thông tư, các đơn vị phải bố trí thêm nhân sự, phương tiện, thiết bị và phải thuê các đơn vị tư vấn để thực hiện dẫn tới việc gia tăng nhân công, chi phí sản xuất và giá thành sản phẩm; giảm sức cạnh tranh và hiệu quả kinh tế của các dự án khai thác, chế biến khoáng sản; gây thêm khó khăn cho hoạt động của các đơn vị.
Về nội dung của các Thông tư, còn tồn tại nhiều vấn đề chưa đồng bộ, chưa phù hợp với thực tế sản xuất dẫn tới một số khó khăn cho các đơn vị khai thác, chế biến khoáng sản và công tác quản lý nhà nước về khoáng sản tại các Bộ, ngành, địa phương.
Đối với Thông tư số 02/2013/TT-BTNMT
Quy định về tỷ lệ bản đồ hiện trạng, bản vẽ mặt cắt hiện trạng khu vực được phép khai thác chưa cụ thể, chưa phù hợp với một số loại hình khoáng sản, đặc biệt là các mỏ khoáng sản kim loại, các mỏ khai thác lộ thiên với quy mô lớn.
Quy định về nội dung, hình thức thể hiện trên bản đồ hiện trạng, mặt cắt hiện trạng chưa đầy đủ (chưa đủ các ranh giới khai thác theo năm, các yếu tố địa chất cơ bản…), chưa dẫn chiếu các tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về trắc địa, địa chất, khai thác mỏ áp dụng để các đơn vị có cơ sở thực hiện.
Quy định về tần suất lập bản đồ hiện trạng, bản vẽ mặt cắt mang tính quân bình, chưa hoàn toàn phù hợp với một số loại hình mỏ, đặc biệt là những mỏ có quy mô nhỏ; chưa phù hợp với những mỏ dừng khai thác.
Chưa có các quy định cụ thể về năng lực của đơn vị lập bản đồ hiện trạng, bản vẽ mặt cắt hiện trạng để đảm bảo tính trung thực, chính xác và khách quan của công tác lập bản đồ hiện trạng…
Qua công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát hoạt động khai thác khoáng sản cho thấy nhiều đơn vị có triển khai lập bản đồ hiện trạng, mặt cắt hiện trạng khu vực khai thác khoáng sản song chất lượng và nội dung còn hạn chế.
Đối với Thông tư số 61/2017/TT-BTNMT
Quy định về trạm cân kiểm soát sản lượng khai thác chưa phù hợp với thực tế của mỏ (đặc biệt là đối với loại hình khoáng sản cát, mỏ khai thác đá khối làm đá ốp lát và những mỏ có quy mô nhỏ, điều kiện địa hình phức tạp, khai trường phân tán) gây khó khăn cho các đơn vị khai thác khi triển khai thực hiện; quy định về thời gian lưu trữ số liệu đo qua trạm cân, hình ảnh camera qua trạm cân không cụ thể, gây khó khăn cho việc lưu trữ của đợn vị khai thác cũng như việc thanh tra, kiểm tra, giám sát của các cơ quan quản lý nhà nước.
Quy định sản lượng khoáng sản khai thác thực tế là trung bình cộng của các giá trị sản lượng được xác định từ các nguồn số liệu: Bản đồ hiện trạng, số liệu qua trạm cận, tiêu hao nguyên, nhiên liệu và hoá đơn chứng từ không đảm bảo độ chính xác bởi khối lượng khoáng sản khai thác xác định qua việc tiêu hao nguyên, nhiên liệu và thống kê tổng hợp các loại chứng từ sử dụng nguyên, nhiên liệu, vật liệu nổ công nghiệp trong năm tính toán không khả thi (thực tế, tuỳ vào điều kiện địa hình mỏ, công nghệ nổ mìn tại mỏ, khối lượng nổ mìn một đợt thì hệ số nổ mìn, chỉ tiêu tiêu hao thuốc nổ sẽ khác nhau và khác so với chỉ tiêu tính toán trong thiết kế).
Các mẫu biểu thống kê kèm theo Thông tư có nội dung quy định chưa rõ ràng, chưa có sự thống nhất và phù hợp với thực tế sản xuất, tiêu thụ khoáng sản của các đơn vị.
Một số nội dung, thông tin phục vụ cho công tác quản lý nhà nước về khoáng sản chưa quy định trong nội dung các Thông tư: Sổ giám sát hoạt động khai thác khoáng sản,…
Từ những bất cập, tồn tại nêu trên, việc sửa đổi, bổ sung một số nội dung của 02 Thông tư nêu trên để thống nhất nội dung quản lý, kiểm soát hiện trạng khai thác, sản lượng khai thác khoáng sản trên phạm vi toàn quốc; đơn giản hoá và tạo thuận lợi cho các tổ chức, cá nhân hoạt động khoáng sản trong quá trình thực hiện là hết sức cần thiết.