Ngoài nội dung xin ý kiến Chính phủ về tên của Nghị định như ý kiến của Bộ Tư pháp, Bộ Tài nguyên và Môi trường đề nghị giữ nguyên nội dung quy định về thời gian dự trữ (Điều 6) và quy định liên quan đến ”thu hồi khoáng sản” thuộc đối tượng dự trữ tại khu vực có khoáng sản dự trữ quốc gia khi thực hiện dự án phát triển trên mặt, bổ sung, điều chỉnh các nội dung có liên quan và đưa vào nội dung Tờ trình để xin ý kiến Chính phủ.
Về vấn đề thời gian dự trữ khoáng sản quốc gia, tại Điều 29 Luật khoáng sản không quy định thời gian dự trữ khoáng sản quốc gia. Tuy nhiên, để tránh rủi ro cho các nhà đầu tư dự án trên mặt tại khu vực có khoáng sản dự trữ quốc gia khi tính toán, đầu tư phải có hiệu quả kinh tế, tức là dự án phải có quy mô, thời gian đủ lớn. Do vậy, phải xác định thời gian dự trữ khoáng sản quốc gia khi khoanh định, phê duyệt để các nhà đầu tư, cơ quan có thẩm quyền chấp thuận chủ trương đầu tư chủ động tính toán hiệu quả kinh tế của dự án. Theo đó, Bộ Tài nguyên và Môi trường đề xuất 02 phương án sau:
Phương án 1. Thời gian dự trữ khoáng sản quốc gia tối đa là 50 năm. Trường hợp đặc biệt, tại một số khu vực, đối với một số loại khoáng sản thời gian dự trữ có thể lớn hơn 50 năm nhưng không quá 70 năm do Thủ tướng Chính phủ quyết định.
Theo phương án này, việc đề xuất thời gian dự trữ nêu trên dựa trên quy định của Luật Đất đai, thời gian thuê đất tối đa là 70 năm và phải có điều kiện là dự án phải nằm trong khu vực có điều kiện kinh tế khó khăn, chậm thu hồi vốn. Trong khi phần lớn các khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia nằm ở ven biển miền trung, không thuộc khu vực khó khăn. Phương án này được một vài địa phương đề nghị như Bình Thuận (liên quan đến sân bay Phan Thiết là 70 năm).
Phương án 2. Thời gian dự trữ khoáng sản quốc gia tối đa là 50 năm, không quy định trường hợp đặc biệt có thể lớn hơn 50 năm nhưng không quá 70 năm như phương án 1 để phù hợp với quy định của Luật đầu tư (thời gian dự án đầu tư tối đa là 50 năm).
Theo thống kê, các dự án đầu tư du lịch, điện gió, điện mặt trời, du lịch tại các địa phương như đã nêu trên có thời gian một vòng đời dự án từ 25 đến 50 năm. Vì vậy, quy định thời gian dự trữ khoáng sản từ 25 đến 50 năm đủ để các dự án trên mặt hoạt động hiệu quả. Luật Khoáng sản chưa quy định thời gian cụ thể của dự trữ khoáng sản nhưng thời gian dự trữ liên quan và phụ thuộc vào nhu cầu của quy hoạch thăm dò, khai thác khoáng sản. Nhìn chung, theo quy hoạch khoáng sản đã phê duyệt thời gian qua cũng như nhiệm vụ lập quy hoạch khoáng sản đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt giao Bộ Công Thương, Bộ Xây dựng thường có kỳ quy hoạch đến 10 năm, tầm nhìn là 30 năm. Như vậy, tổng thời gian của quy hoạch khoáng sản là 40 năm. Mặt khác, theo quy định của Luật Khoáng sản thời gian cấp phép cho dự án khai thác khoáng sản tối đa là 30 năm, gia hạn 20 năm (tổng cộng 50 năm). Việc quy định này phù hợp với quy định của Luật đầu tư, Luật đất đai (trừ trường hợp đặc biệt như đã nêu trên) cũng như quy định về thời gian quy hoạch của Luật khoáng sản. Trường hợp đặc biệt như sân bay Phan Thiết thì có thể chuyển diện tích có khoáng sản trong phạm vi sân bay sang khu vực tạm thời cấm hoạt động khoáng sản.