Theo dự thảo, về điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác khoáng sản, trong quá trình khai thác, tổ chức, cá nhân được xem xét điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác khoáng sản khi có một trong các trường hợp sau đây:

Trường hợp trả lại toàn bộ trữ lượng mỏ được cấp phép (chưa khai thác) thì cơ quan nhà nước có thẩm quyền về khoáng sản tiếp nhận hồ sơ; Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có văn bản gửi cơ quan Thuế tạm thời chưa thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản.

Sau khi có văn bản tiếp nhận hồ sơ trả lại mỏ của tổ chức, cá nhân, cơ quan cấp giấy phép khai thác phải có văn bản yêu cầu địa phương nơi có mỏ phương án bảo vệ khu vực mỏ đã được cấp phép. Đồng thời, yêu cầu tổ chức, cá nhân tiến hành thủ tục đóng cửa mỏ theo quy định, trong đó có việc xác định các nghĩa vụ tài chính mà tổ chức, cá nhân phải nộp tính đến thời điểm dừng khai thác. Trường hợp số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản đã nộp vào ngân sách Nhà nước vượt quá trữ lượng cho phép khai thác tính đến thời điểm trả lại sẽ được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xem xét, điều chỉnh vào các nghĩa vụ tài chính khác của tổ chức, cá nhân.

Trường hợp tổ chức, cá nhân trả lại một phần diện tích khu vực khai thác khoáng sản vì lý do không thể giải phóng được mặt bằng để thuê đất thì số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản sẽ được điều chỉnh phù hợp theo trữ lượng còn lại ghi trong Giấy phép khai thác (điều chỉnh) có hiệu lực pháp luật.

Cơ quan quản lý nhà nước về khoáng sản khi tiếp nhận hồ sơ trả một phần diện tích khu vực khai thác phải phối hợp với các cơ quan liên quan kiểm tra, đánh giá, xác nhận, gửi văn bản cho cơ quan thuế địa phương nơi khu vực có khoáng sản đã được cấp phép để tạm thời chưa thu tiền cấp quyền khai thác khoáng sản cho đến khi hồ sơ được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép điều chỉnh Giấy phép khai thác khoáng sản.

Trường hợp số tiền cấp quyền khai thác khoáng sản đã nộp vào ngân sách Nhà nước vượt quá trữ lượng cho phép khai thác tính đến thời điểm trả lại sẽ được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xem xét, điều chỉnh vào các nghĩa vụ tài chính khác của tổ chức, cá nhân.

Trường hợp tổ chức, cá nhân thăm dò nâng cấp trữ lượng được cấp có thẩm quyền chấp thuận theo quy định, tiền cấp quyền khai thác khoáng sản sẽ được điều chỉnh theo trữ lượng được phép đưa vào thiết kế khai thác, trên cơ sở trữ lượng mới được phê duyệt theo kết quả thăm dò nâng cấp và được ghi trong Giấy phép khai thác thay thế.”

Việc hoàn trả tiền cấp quyền khai thác khoáng sản chỉ được thực hiện trong trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định thu hồi giấy phép vì lý do quốc phòng, an ninh, vì lợi ích quốc gia, lợi ích công cộng hoặc chủ giấy phép trả lại giấy phép đã được cấp khi không giải phóng được mặt bằng để thuê đất vì lý do khách quan. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền về khoáng sản có trách nhiệm tính số tiền phải hoàn trả tương ứng với trữ lượng được trả lại và gửi văn bản cho Cục thuế địa phương nơi có mỏ để thực hiện việc hoàn trả.