Về quản lý, sử dụng nguồn tài nguyên nước, Thù tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 81/2006/QĐ-TTg ngày 14/6/2006 phê duyệt Chiến lược quốc gia về tài nguyên nước đến năm 2020, với mục tiêu tổng quát "Bảo vệ, khai thác hiệu quả, phát triển bền vững tài nguyên nước quốc gia trên cơ sở quản lý tổng hợp, thống nhất tài nguyên nước nhằm đáp ứng nhu cầu nước cho dân sinh, phát triển kinh tế - xã hội, bảo đảm quốc phòng, an ninh và bảo vệ môi trường trong thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hoá, hiện đại hóa đất nước; chủ động phòng, chống, hạn chế đến mức thấp nhất tác hại do nước gây ra; từng hước hình thành ngành kinh tế nước nhiều thành phần phù hợp với nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa; nâng cao hiệu quả hợp tác, bao đám hài hoà lợi ích giữa các nước có chung nguồn nước ". 

Công tác xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, hoàn thiện về chính sách trong lĩnh vực tài nguyên nước từng bước đáp ứng yêu cầu quản lý tài nguyên nước, cụ thể Bộ Tài nguyên và Môi trường đã xây dựng, trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ ban hành và Bộ ban hành theo thẩm quyền 43 văn bản pháp luật để quy định chi tiết, hướng dẫn thi hành và triển khai Luật tài nguyên nước đáp ứng các yêu cầu của công tác quản lý tài nguyên nước. Thêm vào đó, Bộ đã trình Thủ tướng Chính phủ ban hành 11 quy trình vận hành liên hồ chứa trên các lưu vực sông, đây cũng là cơ sở pháp lý quan trọng trong việc điều hòa, phân bổ nguồn nước các hồ chứa lớn, quan trọng trên các lưu vực sông, bảo đảm hài hòa giữa lợi ích phát điện, cấp nước nông nghiệp với việc đám bảo lợi ích của các hộ sử dụng nước phía hạ lưu các lưu vực sông, hạ lưu các hồ chứa, đặc biệt quan trọng nhất là đảm bảo nguồn nước cấp cho sinh hoạt và sản xuất của người dân phía hạ du.

Thời gian tới, Bộ Tài nguyên và Môi trường sê triển khai lập quy hoạch tài nguyên nước trên các lưu vực sông. Hiện nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường đă ban hành kế hoạch tổ chức lập quy hoạch của Bộ Tài nguyên và Môi trường tại Quyết định số 1977/QĐ-BTNMT ngày 31/7/2019, theo đó lĩnh vực tài nguyên nước từ nay đến năm 2025 sẽ triển khai thực hiện lập 15 quy hoạch gồm Quy hoạch tài nguyên nước quốc gia, 01 Quy hoạch tổng thể điều tra cơ bản tài nguyên nước và 13 Quy hoạch tổng hợp lưu vực sông liên tỉnh, nguồn nước liên tỉnh gồm lưu vực sông: Bằng Giang - Kỳ Cùng; Srepok; Sê Sản; Hồng - Thái Bình; Cửu Long; Đồng Nai; sông Ba; sông Mã; sông Cả; Vũ Gia - Thu Bồn; sông Hương; Trà Khúc; Kôn - Hà Thanh.

Tại điều 72 Luật tài nguyên nước năm 2012 đâ có những quy định cụ thể về điều phối, giám sát hoạt động khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước, phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra trên lưu vực sông. Bộ đang hoàn thiện hồ sơ thành lập 04 Ủy ban lưu vực sông Hồng - Thái Bình, Bắc Trung Bộ, Nam Trung Bộ, Đồng Nai. Đồng thời, kiện toàn Ủy bansông Mê Công Việt Nam trên cơ sở lồng ghép chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, Ủy ban lưu vực sông Cửu Long và Ủy ban lưu vực sông Sê san - Sre pok. Ủy ban lưu vực sông được xác định là tổ chức phối hợp liên ngành, có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết việc điều hòa, phân phối nguồn nước, giám sát các hoạt động khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước, bảo vệ môi trường lưu vực sông, việc phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra và tham gia, phối hợp giải quyết các vấn đề có tính liên ngành, liên vùng, liên địa phương trên các lưu vực sông liên tỉnh thuộc phạm vi trách nhiệm của mình.

Theo Nghị định số 54/2015/NĐ-CP đã được Chính phủ ban hành thì đã có quy định về các chính sách ưu đãi các hoạt động sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả giúp cải thiện và nâng cao chất lượng nước, huy động các nguồn lực tài chính từ mọi thành phần trong xã hội. Cụ thể có các quy định ưu đãi về vốn, giảm miễn thuế đối với các hoạt động xây dựng công trình, lắp đặt thiết bị, áp dụng công nghệ sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả.

Thời gian tới, Bộ Tài nguyên và Môi trường sẽ tiếp tục nghiên cứu các cơ chế phối hợp với các cơ quan chức năng, các địa phương, các ngành sử dụng nước trong việc chia sẻ lợi ích của các ngành trong khai thác, sử dụng tài nguyên nước để đảm bảo hài hòa lợi ích của các tổ chức, cá nhân trong khai thác, sử dụng chung các nguồn nước nhằm thực hiện hiệu quả, đạt mục tiêu của Chiến lược quốc gia về tài nguyên nước đến năm 2020.