Công ước Basel chia sẻ mục tiêu chung về bảo vệ sức khỏe con người và môi trường với Công ước Rotterdam 1998 về Thủ tục chấp thuận thông báo trướcđối với một số hóa chất và thuốc trừ sâu độc hại trong thương mại quốc tế và Công ước Stockholm 2001 về Các chất ô nhiễm hữu cơ khó phân hủy. Cùng với nhau, ba công ước này bao quát các yếu tố quan trọng của việc quản lý từ A đến Z các hóa chất độc hại. Do đó, vào năm 2008 và 2009, Hội nghị các Bên của Công ước đã thông qua quyết định tăng cường hợp tác và phối hợp. Các quyết định này liên quan đến việc phối hợp nỗ lực ở cấp độ quốc gia, khu vực và toàn cầu trong các lĩnh vực sau:
Các quyết định cũng đồng thời lập ra các cơ quan giúp việc chung cho các Công ước để hỗ trợ cho cả ba Ban Thư ký. Các cơ quan này phụ trách việc huy động nguồn lực, hỗ trợ tài chính và hành chính, tư vấn pháp lý, công nghệ thông tin và trao đổi thông tin. Cuối cùng các quyết định trên cũng quy định khả năng triệu tập các phiên họp Hội nghị các Bên bất thường chung cho cả ba Công ước và thông qua các quyết định có nội dung giống nhau trong các phiên họp này. Đây là bước đi sáng tạo và chưa có tiền lệ.