Theo đó những nội dung đề nghị sửa đổi, bổ sung 7 Điều, 3 Phụ lục; bổ sung 2 Phụ lục và đề nghị bãi bỏ 1 Phụ lục, cụ thể như sau:

Đối với Chương I (Những quy định chung)  

Khoản 1, khoản 2 Điều 3: bổ sung mục đích gia nhiệt vì trường hợp này cũng tương tự như khai thác nước để làm mát máy, tức là sử dụng nước sau quá trình sản xuất để làm tăng nhiệt độ của sản phẩm và do đó sẽ giảm nhiệt độ của nước trước khi xả trả lại nguồn nước. 

Điều 4: Sửa đổi, bổ sung Điều 4 theo hướng: bổ sung gia nhiệt cho phù hợp với Điều 3; sửa đổi, bổ sung quy định về chất lượng nước để phù hợp với pháp luật về quy hoạch và sát hơn với thực tế địa phương; sửa đổi hệ số điều kiện khai thác theo tầng chứa nước thành chiều sâu giếng cho phù hợp và sửa đổi các nội dung khác cho phù hợp với quy định của Nghị định.

Đối với Chương II (Mức thu, phương pháp tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước)

Sửa đổi, bổ sung khoản 4, khoản 5 và khoản 6 Điều 7 theo hướng: bổ sung quy định về thời điểm tính tiền; bổ sung quy định để hướng dẫn cụ thể căn cứ xác định tỷ lệ cấp nước cho các mục đích của hệ thống cấp nước tập trung để làm cơ sở tính sản lượng tính tiền cấp quyền khai thác nước; bỏ quy định về thời điểm dự kiến bắt đầu vận hành; bổ sung quy định về ghi rõ thời gian có hiệu lực của giấy phép nhằm xác định được thời điểm đầu và thời điểm cuối phục vụ tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.

Sửa đổi, bổ sung Điều 8 Giá tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước theo hướng: quy định rõ mục đích khai thác, sử dụng nước áp dụng mức nào trong khung giá tính thuế tài nguyên đối với nước thiên nhiên do Bộ Tài chính ban hành. Đồng thời, bổ sung một khoản mới quy định về thời điểm áp dụng các mức giá tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.

Sửa đổi, bổ sung Điều 11 (Trình tự, thủ tục tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước) theo hướng: quy định thủ tục phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước độc lập với thủ tục cấp giấy phép khai thác, sử dụng tài nguyên nước đối với trường hợp công trình chưa vận hành khai thác. Bổ sung quy định này làm phát sinh thủ tục hành chính, tuy nhiên sẽ giảm các thủ tục hành chính về điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.

Sửa đổi, bổ sung Điều 12 (Điều chỉnh, truy thu, hoàn trả tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước) theo hướng: điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước phải căn cứ vào giá tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước tại thời điểm phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, trừ trường hợp công trình bị hư hỏng hoặc phải ngừng khai thác theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì căn cứ vào giá tính tiền lần đầu. Đồng thời, đã rà soát bỏ những trường hợp điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước bị trùng lặp. Bổ sung trình tự, thủ tục truy thu, hoàn trả tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.

Sửa đổi, bổ sung Điều 14 (Phương thức thu, nộp, quản lý, sử dụng tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước) theo hướng: Bổ sung quy định nộp tiền cấp quyền khai thác, sử dụng tài nguyên nước 01 lần đối với trường hợp số tiền cấp quyền khai thác, sử dụng tài nguyên nước nhỏ hoặc tổ chức, cá nhân tự lựa chọn tại khoản 1 Điều 14 của Nghị định. Đồng thời, điều chỉnh phương thức nộp tiền đảm bảo sự phù hợp với pháp luật về quản lý thuế. Bổ sung một khoản quy định về việc phân chia tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đối với các công trình khai thác tài nguyên nước nằm trên địa bàn từ hai tỉnh trở lên.

Đối với các Phụ lục

Phụ lục I (Mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước) bổ sung nội dung làm rõ cả bao gồm cả sản xuất, cung cấp nước sạch trong các khu, cụm công nghiệp, khu chế xuất để thống nhất áp dụng trong phạm vi cả nước, bổ sung gia nhiệt vào số thứ tự thứ 3 và thứ 4 trong Phụ lục.

Phụ lục II (Bảng các hệ số điều chỉnh), trong đó điều chỉnh Hệ số K1, K3 cho phù hợp với thực tế.

Phụ lục III (Mẫu kê khai tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước), trong đó chỉnh sửa phương thức nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước cho phù hợp với quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Bãi bỏ Phục lục IV (Mẫu Thông báo nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước) vì đã được dẫn chiếu theo quy định của pháp luật về thuế để tránh trùng lặp với Nghị định quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.

Phụ lục V (Mẫu quyết định phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước), bổ sung mã số thuế và bổ sung cho phù hợp với mẫu quyết định của UBND cấp tỉnh.

Bổ sung Phụ lục Va, và Phụ lục Vb (Mẫu quyết định truy thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước và Mẫu quyết định hoàn trả tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước) theo ý kiến thẩm định của Bộ Tư pháp.