Bộ TN&MT đã chủ trì, phối hợp với các địa phương trong việc giám sát thực hiện vận hành thử nghiệm, báo cáo kết quả vận hành, kiểm tra, xác nhận hoàn thành công trình BVMT của các dự án đầu tư xây dựng hạ tầng KCN, dự án xây dựng hệ thống XLNT tập trung và dự án đầu tư CSONC trước khi đưa dự án vào hoạt động. Khẩn trương tiến hành các thủ tục kiểm tra, xác nhận hoàn thành công trình BVMT của các KCN, CSONC đã đi vào hoạt động nhưng chưa hoàn thiện thủ tục xác nhận theo quy định pháp luật. Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm; sớm khắc phục tình trạng vi phạm khá phổ biến hiện nay là dự án đã đi vào hoạt động nhưng chưa hoàn thành các thủ tục về BVMT:
Nhằm tăng cường vai trò của các chính quyền địa phương trong việc giám sát hoạt động vận hành thử nghiệm của các dự án, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 40/2019/NĐ-CP ngày 13/5/2019 về sửa đổi, bổ sung một số điều của các nghị định quy định chi tiết, hướng dẫn thi hành Luật bảo vệ môi trường. Theo đó, trách nhiệm của cơ quan chuyên môn về bảo vệ môi trường cấp tỉnh nơi triển khai dự án bao gồm: (1) Kiểm tra các công trình xử lý chất thải của dự án trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản thông báo kế hoạch vận hành thử nghiệm; (2) Chủ trì, phối hợp với chủ dự án để kiểm tra việc vận hành thử nghiệm các công trình xử lý chất thải của dự án trong trường hợp cần thiết; (3) Tiếp nhận, xử lý các kiến nghị của chủ dự án liên quan đến việc vận hành thử nghiệm các công trình xử lý chất thải và hướng dẫn chủ dự án khắc phục ô nhiễm, sự cố môi trường (nếu có) trong quá trình vận hành thử nghiệm; (4) Có văn bản thông báo kết quả kiểm tra việc vận hành thử nghiệm các công trình xử lý chất thải.
Triển khai các quy định nêu trên, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã chỉ đạo rà soát, đôn đốc các KCN, CSONC tiến hành hoàn thành các công trình BVMT. Kết quả là hiện nay có 100% CSONC đã thực hiện xác nhận hoàn thành các công trình BVMT; 250/280 KCN đi vào hoạt động có hệ thống XLNTTT, có 224/250 KCN đã đi vào hoạt động, có hệ thống xử lý nước thải tập trung thực hiện việc xác nhận hoàn thành các công trình bảo vệ môi trường. Hiện có 26 KCN chưa thực hiện xác nhận hoàn thành do nước thải thu gom được quá ít hoặc đang thực hiện vận hành thử nghiệm hoặc do vướng mắc về các thủ tục môi trường khi điều chỉnh, bổ sung các công trình bảo vệ môi trường nhưng chưa được cơ quan có thẩm quyền chấp thuận.