Phương án 1 - Đối chịu phí: Tập trung thu phí đối với 04 đối tượng là các ngành có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao, theo đó đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường đối với khí thải là khí thải phát sinh từ cơ sở sản xuất thuộc các ngành: (1) nhiệt điện, (2) sản xuất gang thép, (3) sản xuất hóa chất và (4) sản xuất xi măng.

Trường hợp miễn phí: Do đã hạn chế, thu hẹp đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường đối với khí thải chỉ tập trung vào ngành có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao là nhiệt điện, sản xuất gang thép, sản xuất hóa chất và sản xuất xi măng, nên phương án này không quy định trường hợp miễn phí.

Phương án 2 - Đối tượng chịu phí: Căn cứ quy định tại khoản 3 và 4 Điều 64 Luật Bảo vệ môi trường, đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường đối với khí thải là khí thải phát sinh từ các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ có phát sinh khí thải công nghiệp, trừ các trường hợp được miễn phí.

Trường hợp miễn phí: Để tránh việc “phí chồng thuế” đối với các loại nhiên, nguyên liệu đã chịu thuế bảo vệ môi trường; đồng thời khuyến khích các đối tượng có phát sinh khí thải với lưu lượng thấp thực hiện giám sát môi trường định kỳ, phí bảo vệ môi trường đối với khí thải sẽ không áp dụng đối với 04 nhóm đối tượng sau: (1) Các nguồn khí thải mà quy trình công nghệ của hạng mục phát sinh khí thải có sử dụng trực tiếp nguyên/nhiên liệu là đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường (xăng, dầu, mỡ nhờn, than đá…); (2) Khí thải phát sinh từ hoạt động nông nghiệp, xây dựng; (3) Khí thải phát sinh từ hoạt động sinh hoạt của hộ gia đình, cá nhân; (4) Khí thải phát sinh từ các cơ sở sản xuất, kinh doanh không thuộc đối tượng phải quan trắc khí thải định kỳ theo quy định nhưng tự chủ động thực hiện chương trình giám sát môi trường định kỳ tương ứng với tần suất của các đối tượng khác có hồ sơ về môi trường tương đương (đánh giá tác động môi trường, kế hoạch bảo vệ môi trường).

Bộ Tài nguyên và Môi trường đã đề xuất lựa chọn Phương án 2 vì phương án này đảm bảo tính công bằng giữa các đối tượng phát sinh khí thải đồng thời khuyến khích các cơ sở, doanh nghiệp cải tiến công nghệ, đầu tư xử lý khí thải để giảm số phí phải đóng; tuy nhiên có khó khăn trong việc xác định lượng phí phải nộp đối với các công trình phát sinh khí thải công nghiệp tại các cơ sở vừa sử dụng nguyên, nhiên liệu thuộc danh mục nộp thuế bảo vệ môi trường và vừa sử dụng các nguyên liệu khác (như trường hợp lò đốt hoặc lò hơi vừa sử dụng nguyên liệu là than đá, vừa sử dụng củi, trấu,.. để làm nguyên liệu).