Trên cơ sở đề nghị của Cục Quản lý tài nguyên nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã ban hành Quyết định 1610/QĐ-BTNMT chín (09) Quy trình nội bộ thực hiện thủ tục hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước, bao gồm các Phụ lục: 

Phụ lục 1: Quy trình cấp giấy phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước.

Phụ lục 2: Quy trình gia hạn, điều chỉnh giấy phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước. 

Phụ lục 3: Quy trình cấp lại giấy phép thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước. 

Phụ lục 4: Quy trình cấp giấy phép xả nước thải vào nguồn nước. 

Phụ lục 5: Quy trình gia hạn, điều chỉnh giấy phép xả nước thải vào nguồn nước. 

Phụ lục 6: Quy trình cấp lại giấy phép xả nước thải vào nguồn nước. 

Phụ lục 7: Quy trình cấp giấy phép hành nghề khoan nước dưới đất quy mô lớn. 

Phụ lục 8: Quy trình gia hạn giấy phép hành nghề khoan nước dưới đất quy mô lớn. 

Phụ lục 9: Quy trình điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.

Theo đó, tổng thời gian của các Quy trình nội bộ đã giảm từ 45 ngày theo quy định xuống còn 40 ngày đối với quy trình cấp mới giấy phép, giảm từ 35 ngày theo quy định xuống còn 33 ngày đối với Quy trình điều chỉnh, gia hạn giấy phép và giảm từ 20 ngày theo quy định xuống còn 17 ngày đối với quy trình cấp lại giấy phép.