Thực hiện khoản 2 Điều 27 Luật Đa dạng sinh học, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan xây dựng và trình Thủ tướng Chính phủ dự thảo Quy chế về quản lý khu bảo tồn tại Tờ trình số 86/TTr-BTNMT ngày 06/12/2012. Sau quá trình xem xét, Phó Thủ tướng Chính phủ Hoàng Trung Hải đã có ý kiến tại Văn bản số 785/VPCP-KGVX ngày 23/01/2013 của Văn phòng Chính phủ, trong đó giao Bộ Tài nguyên và Môi trường nghiên cứu, sửa đổi phạm vi áp dụng dự thảo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ theo hướng ban hành quy chế khu bảo tồn đất ngập nước, núi đá vôi và các hệ sinh thái hỗn hợp.

Tuy nhiên, theo quy định của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật năm 2015, có hiệu lực từ 01/7/2016, Quyết định của Thủ tướng Chính phủ không phải là văn bản quy phạm pháp luật. Do đó, qua nhiều lần trao đổi, thống nhất với Bộ Tư pháp và Văn phòng Chính phủ, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã tham mưu Chính phủ ban hành Nghị định số 66/2019/NĐ-CP ngày 29/7/2019 về bảo tồn và sử dụng bền vững các vùng đất ngập nước, trong đó có quy định về trình tự, thủ tục lập, thẩm định dự án thành lập khu bảo tồn cấp tỉnh; nội dung quyết định thành lập khu bảo tồn cấp tỉnh.

Theo đó, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương tổ chức lập dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh.

Trình tự lập, thẩm định dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh như sau: (i) Tổ chức điều tra, đánh giá hiện trạng đa dạng sinh học, môi trường, kinh tế, văn hóa và xã hội vùng đất ngập nước dự kiến thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh; (ii) Lập dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh theo nội dung quy định tại khoản 3 Điều 13 Nghị định này; (iii) Tổ chức lấy ý kiến của Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân các cấp, sở, ban ngành có liên quan và ý kiến của cộng đồng dân cư sinh sống hợp pháp trong hoặc tiếp giáp khu vực dự kiến thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh. Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được văn bản lấy ý kiến của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân các cấp, sở, ban, ngành liên quan phải có ý kiến trả lời bằng văn bản; (iv) Tổ chức thẩm định hồ sơ dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh. Nội dung thẩm định bao gồm: mục đích bảo tồn đa dạng sinh học của khu bảo tồn; mức độ đáp ứng tiêu chí thành lập khu bảo tồn; vị trí địa lý, ranh giới, diện tích khu bảo tồn, các phân khu chức năng và vùng đệm của khu bảo tồn; kế hoạch quản lý khu bảo tồn; tổ chức quản lý khu bảo tồn và ý kiến của các bên liên quan. Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh hoàn thành việc thẩm định dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh; (v) Hoàn thiện hồ sơ trình Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ra quyết định thành lập.

Hồ sơ đề nghị thẩm định dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh gồm có: a) Văn bản đề nghị thành lập và dự thảo Quyết định thành lập khu bảo tồn; b) Dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh bao gồm các nội dung theo quy định tại khoản 3 Điều 13 Nghị định này; c) Ý kiến của Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân các cấp, sở, ban ngành có liên quan, ý kiến của cộng đồng dân cư sinh sống hợp pháp trong và tiếp giáp với khu vực dự kiến thành lập khu bảo tồn. 

Hồ sơ trình Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương về việc thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh gồm có: a) Văn bản đề nghị thành lập và dự thảo Quyết định thành lập khu bảo tồn đã được hoàn thiện sau họp Hội đồng thẩm định hồ sơ dự án thành lập khu bảo tồn; b) Dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước đã được hoàn thiện theo yêu cầu của Hội đồng thẩm định và ý kiến của các bên liên quan tại điểm c khoản 3 Điều này; c) Kết quả thẩm định và biên bản họp Hội đồng thẩm định dự án thành lập khu bảo tồn đất ngập nước.

Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ra quyết định thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh. Quyết định thành lập khu bảo tồn đất ngập nước cấp tỉnh có các nội dung chủ yếu sau đây: a) Vị trí địa lý, ranh giới, diện tích khu bảo tồn và vùng đệm; b) Vị trí địa lý, ranh giới, diện tích phân khu bảo vệ nghiêm ngặt, phân khu phục hồi sinh thái, phân khu dịch vụ - hành chính; c) Mục đích bảo tồn đa dạng sinh học của khu bảo tồn; d) Kế hoạch phục hồi các hệ sinh thái tự nhiên trong khu bảo tồn; đ) Phương án ổn định hoặc di dời hộ gia đình, cá nhân sinh sống trong khu bảo tồn; phương án chuyển đổi mục đích sử dụng đất trong khu bảo tồn; e) Tổ chức quản lý khu bảo tồn, gồm chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức quản lý khu bảo tồn; g) Kinh phí vận hành hoạt động khu bảo tồn; h) Trách nhiệm của các sở, ban, ngành và các tổ chức có liên quan trong quản lý khu bảo tồn và tổ chức thực hiện quyết định thành lập khu bảo tồn.