Sông Mã là hệ thống sông liên quốc gia (Việt nam và CHDCND Lào), và là một trong 9 hệ thống sông lớn đặc biệt quan trọng của nước ta. Diện tích lưu vực sông Mã là 28.400 km2 phần ở Việt Nam là 17.653 km2. Trên lãnh thổ Việt Nam, lưu vực sông Mã nằm trong địa giới hành chính của 5 tỉnh: Điện Biên, Sơn La, Hoà Bình, Thanh Hoá và Nghệ An. Trong đó, diện tích lưu vực phân bố phần lớn ở tỉnh Thanh Hóa với khoảng hơn 9.000 km2 (51% diện tích lưu vực). Tổng lượng nước trung bình hàng năm của lưu vực sông Mã là 18 tỷ m3, trong đó phần dòng chảy sản sinh taị Viêṭ Nam là 14,1 tỷ m3 và tại Lào 3,9 tỷ m3. Tiềm năng tài nguyên nước lưu vực sông Mã được đánh giá thuộc loại trung bình và hiện đang chịu sức ép cao trong khai thác sử dụng. Tình trạng thiếu nước trong mùa khô, ô nhiễm nguồn nước, hạn hán, lũ lụt, nước biển dâng, xâm nhập mặn xảy ra phổ biến ở nhiều khu vực, nhiều lưu vực sông nhánh thuộc hệ thống sông Mã. Trong tương lai, cùng với những biến động bất lợi về tài nguyên nước do biến đổi khí hậu trên quy mô toàn cầu, nhu cầu về tài nguyên nước trên lưu vực cũng gia tăng nhanh chóng, các khu công nghiệp tập trung quy mô quốc gia như Nghi Sơn, Bỉm sơn, các đô thị lớn, các khu nghỉ dưỡng... kể cả việc gia tăng nhu cầu sử dụng nước và ô nhiễm xuyên biên giới từ Lào đang đặt ra những thách thức lớn cho tài nguyên nước và công tác quản lý tài nguyên nước trên lưu vực sông Mã.
Bên cạnh những giá trị to lớn mà hệ thống sông Mã đem lại, còn tồn tại những khó khăn khách quan, chủ quan làm hạn chế khả năng khai thác hiệu quả và phát triển bền vững tài nguyên nước trên lưu vực sông:
Dòng chảy năm trên hệ thống sông Mã phân phối rất không đều theo không gian và thời gian. Lượng nước trên các sông suối mùa mưa rất lớn, chiếm đến 75-85% tổng lượng dòng chảy trong năm. Do đặc điểm địa hình dốc và hẹp ở vùng thượng lưu nên ở vùng thượng nguồn của lưu vực tiềm ẩn nhiều khả năng xảy ra lũ quét. Vùng hạ lưu (tỉnh Thanh Hóa) dòng sông và lưu vực sông mở rộng, độ dốc nhỏ nên thường xuyên xảy ra lũ lụt. Lũ trên sông Mã thường là do lũ tổ hợp lũ giữa hai sông Mã và sông Chu, nên thường là lũ kép, có cường suất lũ khá lớn.
Mùa lũ hàng năm trên hệ thống sông Mã nói chung và các sông ở Thanh Hóa nói riêng thường xuất hiện từ tháng 6 đến tháng 10. Do đăc̣ điểm điạ hình mà vùng thượng du sông Mã thường hay xảy ra lũ quét, mặt khác, do độ dốc lớn nên lũ thường dồn nhanh về đồng bằng gây nên úng lụt thường xuyên ở nhiều vùng hạ lưu Thanh hóa như vùng sông Hoạt, vùng Hậu Lộc - Hoàng Hóa, vùng Thiệu Hóa - Thọ Xuân...
Những năm gần đây, lũ quét xuất hiện ngày càng nhiều ở Việt Nam nói chung và ở Thanh Hóa nói riêng; bình quân có từ 2 đến 4 trận lũ quét xảy ra trong mùa lũ hàng năm. Lũ quét thường gây những tổn thất nghiêm trọng về người và tài sản của Nhà nước và nhân dân.
Bên caṇh lũ lụt, hạn hán là loại hình thiên tai thường xảy ra trên lưu vực sông Mã cũng như ở Thanh Hóa và đứng thứ 3 về mức độ thiệt hại sau bão và lũ. Trong những năm gần đây, hạn hán liên tiếp xảy ra ở khắp các vùng trong tỉnh. Thanh Hóa có vùng đồng bằng rộng lớn, đồng bằng Thanh hóa là đồng bằng lớn nhất của dải đồng bằng ven biển miền Trung, là nguồn cung ứng lương thực chủ yếu cho hơn 3 triệu dân Thanh Hóa nhưng thường xuyên bị thiếu nước trong mùa khô. Hạn hán có năm làm giảm từ 20 đến 30% năng suất cây trồng, giảm sản lượng lương thực, ảnh hưởng nghiêm trọng tới chăn nuôi và sinh hoạt của người dân. Việc chống hạn thường gặp nhiều khó khăn do thiếu nguồn nước, các hồ chứa nước thượng nguồn cũng bị cạn kiệt. Hạn hán kéo dài sẽ dẫn đến nguy cơ hoang mạc hóa ở một số vùng, đặc biệt là vùng cát ven biển và vùng đất dốc thuộc các huyện trung du, miền núi.
Khan hiếm nước, thiếu nước: Hạn hán, cùng với ô nhiễm nguồn nước nhiều thời kỳ xảy ra khốc liệt, có năm nhà máy nước Hàm Rồng- nguồn cấp nước chính cho thành phố Thanh Hóa phải ngừng hoạt động do không đủ nước và nguồn nước ô nhiễm nặng do các hoạt động xả nước thải, gây khó khăn nghiêm trọng cho đời sống nhân dân. Tình trạng thiếu nước chắc chắn sẽ nghiêm trọng hơn khi nhu cầu sử dụng nước và xả nước thải tăng nhanh do phát triển các khu công nghiệp, đô thị lớn và các tác động xuyên biên giới ... nếu chúng ta không có cách nhìn nhận đúng đắn và có giải pháp ứng phó thích hợp.
Hệ thống sông Mã có 3 cửa sông lớn là Lạch Sung, Lạch Trường và cửa Hới. Xâm nhập mặn thường xảy ra ở các huyện ven biển với mức độ khác nhau. Có 5 vùng có nguy cơ xâm nhập mặn cao, đó là: các huyện Nga Sơn, Hà Trung, Hậu Lộc ven cửa biển lạch Sung (sông Lèn), các huyện Hoằng Hóa, Hậu Lộc, thị xã Sầm Sơn ven cửa biển lạch Trường, lạch Hới (sông Mã), các huyện Quảng Xương, Tĩnh Gia ven cửa biển lạch Ghép (sông Yên) và huyện Tĩnh Gia ven cửa biển lạch Bạng (sông Bạng). Số liệu thống kê cho thấy xâm nhập mặn đã ảnh hưởng tới hàng ngàn ha đất nông nghiệp ở các vùng trên trong khi đó chi phí xây dựng các công trình ngăn mặn, giữ ngọt rất tốn kém...
Những loại thiên tai do nước nêu trên của sông Mã có sức tàn phá vô cùng rộng lớn, làm suy thoái nguồn nước, tác động xấu đến đời sống của cộng đồng. Chỉ tính riêng trong 2 năm 2005 và 2007 trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa bão, lũ đã làm thiệt mạng khoảng 30 người, 40 xã của 8 huyện bị ngập lụt, với 25.378 hộ dân, hư hỏng 7.530 nhà cửa, gần 80.000 ha lúa và hoa màu bị ngập úng, hư hỏng trên 10km đê biển, sạt lở hàng chục km đê sông, bờ sông... tổng thiệt hại về tài sản trong 2 năm ước tính khoảng 2.500 tỷ đồng.
Các quy hoạch được xác lập trước đây chủ yếu mới giải quyết các vấn đề đơn ngành như tưới, cấp nước cho các khu công nghiệp, đô thị và khu dân cư tập trung mà chưa đề cập đến những vấn đề khác như kiểm soát lũ lụt, xâm nhâp̣ măṇ , bồi lắng, xói lở bờ sông, kiểm soát và giảm thiểu ô nhiễm nguồn nước, bảo vệ và chống suy thoái, cạn kiệt nguồn nước; đảm bảo nhu cầu nước cho các ngành dùng nước khác như nuôi trồng thuỷ sản, giao thông thuỷ, bảo tồn, văn hóa và du lic̣h ,... Mặt khác, các quy hoạch chuyên ngành chủ yếu tập trung đề xuất những giải pháp công trình, chưa gắn giữa giải pháp công trình và phi công trình, chưa thống nhất giữa xây dựng - quản lý và bảo vệ tài nguyên nước, chưa kết nối giữa người quản lý tài nguyên nước và người sử dụng tài nguyên nước, chưa lồng ghép việc xây dựng các giải pháp tuyên truyền, giáo dục cộng đồng và các biện pháp chế tài mang tính luật pháp, chưa phối hợp giữa giám sát, quản lý, vận hành và điều chỉnh...
Một trong những căn cứ để lập quy hoạch tổng hợp lưu vực sông được quy định tại Luật tài nguyên nước và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều có liên quan đến quy hoạch là “Nhiệm vụ quy hoạch”. Vì vậy, ngoài những vấn đề nói trên, để có cơ sở, lựa chọn, đề xuất các nội dung quy hoach nhằm giải quyết các vấn đề quản lý, bảo vệ, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra, việc Lập nhiệm vụ quy hoạch tổng hợp lưu vực sông Mã là rất cấp bách, cần thiết.
