Về nghiên cứu xây dựng các hồ chứa nước ngọt lớn để trữ nước cho vùng nhằm điều tiết nước ngọt cho vùng ĐBSCL thiếu nước trong mùa khô hạn, trong khuôn khổ Hợp tác Chiến lược giữa Chính phủ nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Vương quốc Hà Lan về thích ứng với biến đổi khí hậu và quản lý nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp với phía Hà Lan xây dựng Kế hoạch đồng bằng sông Cửu Long nhằm xây dựng chiến lược và tầm nhìn tới năm 2100 cho khu vực này trên cơ sở tích hợp các kịch bản biến đổi khí hậu, nước biển dâng và phát triển kinh tế - xã hội. Theo đó, ĐBSCL được chia ra ba vùng, đồng thời đề xuất các khuyến nghị về quản lý tài nguyên nước cho từng vùng nhằm phát triển bền vững vùng ĐBSCL, thích ứng với các tác động của biến đổi khí hậu và nước biển dâng trong đó có các giải pháp trữ nước.
ĐBSCL đã và đang đối mặt với nhiều vấn đề, trong đó có vấn đề về nước mặt, cụ thể là thừa nước vào mùa lũ, thiếu nước vào mùa khô, bên cạnh đó còn bị ô nhiễm và xâm nhập mặn vào mùa khô. Chính vì vậy, để đối phó với tình trạng này, giải pháp xây dựng các hồ chứa trên các đoạn sông ở đồng bằng để tích nước trong mùa lũ và cấp nước cho mùa khô, là một trong những giải pháp quan trọng đặc biệt khu vực Tứ giác Long Xuyên, Đồng Tháp Mười là những nơi rất thích hợp để tích trữ nước ngọt. Do vậy, cần thiết xây dựng các hồ chứa nước ngọt lớn để trữ nước cho vùng nhằm điều tiết nước ngọt cho vùng Đồng bằng sông Cửu Long thiếu nước trong mùa khô hạn.
Năm 2019, Bộ cũng đã phê duyệt dự án Dự án “Xây dựng các giải pháp tổng thể trữ nước để giải quyết vấn đề thừa nước vào mùa lũ, thiếu nước vào mùa khô phục vụ cho phát triển bền vững ĐBSCL”, theo đó nghiên cứu một cách tổng thể các giải pháp trữ nước cho vùng ĐBSCL, tận dụng các nhánh sông để trữ nước với chức năng như các hồ chứa nước tự nhiên và xây dựng các hồ chứa nước nhân tạo tại các vùng khan hiếm nước. Bộ cũng đang khẩn trương tập trung xây dựng và triển khai thực hiện quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông Cửu Long trong điều kiện biến đổi khí hậu và tác động do các hoạt động khai thác sử dụng nước của các quốc gia ở thượng nguồn sông Mê Công.
Đồng thời, chúng ta cần phải xem xét để thực hiện sớm việc có một hệ thống về hạ tầng cấp nước liên vùng, liên tỉnh, xử lý nước thải tập trung đối với ĐBSCL theo hướng thuận thiên và việc chuyển đổi quy mô lớn, đặc biệt là nông nghiệp thích ứng với các điều kiện về nguồn nước là hết sức quan trọng.
Về giải pháp hạn chế khai thác nguồn nước ngầm, hiện nay chúng ta chưa có nhiều dữ liệu về tài nguyên nước dưới đất (nước ngầm) của vùng ĐBSCL, mạng quan trắc cũng còn khá thưa, chưa đủ nói nên toàn cảnh bức tranh về hiện trạng nguồn nước, khai thác nước ngầm. Nhưng thông qua số liệu quan trắc cũng cho thấy một số vấn đề về thực trạng, đó là có một số khu vực đang bị khai thác quá mức, hạ thấp sâu mực nước ngầm dẫn đến các hệ lụy là gây ô nhiễm, xâm nhập mặn và có thể gây ra sụt lún bề mặt đất (ví dụ ở một số khu vực tại các đô thị TP. Cà Mau, TP. Sóc Trăng, TP. Bạc Liêu…).
Bộ Tài nguyên và Môi trường đồng tình với quan điểm nước ngầm là nguồn tài nguyên quý giá, cần phải được bảo vệ, gìn giữ để sử dụng trong tương lai lâu dài. Tuy nhiên cũng như nước mặt, nước ngầm cũng là nguồn tài nguyên có khả năng tái tạo, được bổ sung từ các nguồn nước mưa, nước mặt. Do đó, cần được khai thác ở mức hợp lý để không làm hạ thấp mực nước ngầm sâu, ảnh hưởng đến môi trường, gây nguy cơ ô nhiễm, xâm nhập mặn, sụt lún bề mặt. Việc khai thác phải căn cứ vào kết quả điều tra, đánh giá nguồn nước ngầm, quan trắc, giám sát việc khai thác, khả năng bổ sung từ nguồn nước mưa, nước mặt dư thừa trong mùa mưa lũ... trên cơ sở quy hoạch đảm bảo tổng lượng khai thác không vượt quá khả năng khai thác, không vượt ngưỡng giới hạn khai thác an toàn…
Bộ Tài nguyên và Môi trường đã trình Chính phủ ban hành Nghị định số 167/2018/NĐ-CP quy định việc hạn chế khai thác nước dưới đất, trong đó yêu cầu các địa phương tổ chức khoanh định, công bố Danh mục các vùng hạn chế khai thác (là các vùng, khu vực nước ngầm có nguy cơ bị ô nhiễm, xâm nhập mặn, hạ thấp mực nước quá mức, sụt lún đất…) và áp dụng các biện pháp hạn chế khai thác, giảm khai thác nước ngầm ở các vùng, khu vực có nguy cơ (không phải hạn chế là dừng việc khai thác nước ngầm) để đáp ứng mục tiêu kép là vừa đảm bảo việc khai thác hợp lý nguồn nước ngầm phục vụ phát triển kinh tế, đồng thời bảo vệ nguồn nước ngầm tránh khỏi nguy cơ bị hạ thấp mực nước quá mức, ô nhiễm, xâm nhập mặn, sụt lún bề mặt đất.