Khoản 3 Điều 42 của Nghị định số 69/2010/NĐ-CP quy định: “3. Trường hợp vận chuyển quá cảnh sinh vật BĐG, sản phẩm của sinh vật BĐG không thuộc đối tượng quy định tại khoản 1 của Điều này qua lãnh thổ Việt Nam mà phải bốc dỡ xuống cảng thì chủ hàng phải gửi văn bản bao gồm thông tin quy định tại Phụ lục I của Nghị định này đến Bộ TN&MT để được xem xét, cho phép. Hải quan cửa khẩu chỉ tiến hành thủ tục quá cảnh sau khi được Bộ TN&MT cho phép.”

Tuy nhiên đến nay, sau gần 10 năm kể từ khi Nghị định số 69/2010/NĐ-CP có hiệu lực thi hành, Bộ TN&MT chưa tiếp nhận hồ sơ nào liên quan đến thủ tục hành chính này của tổ chức, cá nhân hoặc cơ quan hải quan. Bên cạnh đó, theo quy định tại khoản 1 Điều 35 của Nghị định số 69/2018/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2018 của Chính phủ quy định chi tiết một số Điều của Luật Quản lý ngoại thương quy định:

“a) Đối với hàng hóa là vũ khí, vật liệu nổ, tiền chất thuốc nổ, công cụ hỗ trợ, Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với Bộ Quốc phòng, Bộ Công an báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định việc cho phép quá cảnh.

b) Đối với hàng hóa cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu; hàng hóa tạm ngừng xuất khẩu, tạm ngừng nhập khẩu; hàng hóa cấm kinh doanh theo quy định của pháp luật, Bộ Công thương xem xét cấp Giấy phép quá cảnh hàng hóa.

c) Đối với hàng hóa không thuộc quy định tại Điểm a, Điểm b Khoản 1 Điều này, thủ tục quá cảnh thực hiện tại cơ quan hải quan.”

Như vậy, để đảm bảo tính thống nhất của hệ thống văn bản quy phạm  pháp luật và để phù hợp với tình hình thực tiễn, cần sửa đổi quy định tại khoản 3 Điều 42 của Nghị định số 69/2010/NĐ-CP theo hướng bãi bỏ thủ tục hành chính cho phép quá cảnh sinh vật BĐG, sản phẩm của sinh vật BĐG của Bộ TN&MT, thay vào đó, chủ hàng thực hiện các thủ tục quá cảnh tại cơ quan hải quan.