Nhằm xác định các nhiệm vụ, giải pháp chủ yếu cần thực hiện trong từng giai đoạn để các bộ, ngành, các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương vùng đồng bằng sông Cửu Long và Thành phố Hồ Chí Minh tập trung chỉ đạo, xây dựng, triển khai các chương trình, đề án, dự án, giải pháp cụ thể nhằm thực hiện đầy đủ, toàn diện và hiệu quả các nhiệm vụ và mục tiêu đã được Nghị quyết số 120/NQ-CP đề ra, ngày 13/4/2019, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 417/QĐ-TTg về Chương trình hành động tổng thể thực hiện Nghị quyết số 120/NQ-CP với 6 nhóm nhiệm vụ và giải pháp cụ thể chính, bao gồm: (1) Rà soát, hoàn thiện và bổ sung hệ thống cơ chế, chính sách; (2) Cập nhật và hệ thống hóa số liệu, dữ liệu liên ngành, tăng cường điều tra cơ bản; (3) Xây dựng quy hoạch và tổ chức không gian lãnh thổ; (4) Xây dựng cơ cấu kinh tế hợp lý thích ứng với biến đổi khí hậu; (5) Đầu tư và phát triển hạ tầng; (6) Phát triển và huy động nguồn lực. Đồng thời, để đẩy mạnh triển khai thực hiện Nghị quyết số 120/NQ-CP, ngày 05/9/2019, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Chỉ thị số 23/CT-TTg về đẩy mạnh thực hiện Nghị quyết số 120/NQ-CP của Chính phủ về phát triển bền vững đồng bằng sông Cửu Long thích ứng với biến đổi khí hậu, trong đó tập trung đẩy mạnh triển khai một số nhiệm vụ, giải pháp trọng tâm như sau:
Về thể chế điều phối vùng và liên kết vùng
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan khẩn trương nghiên cứu, đề xuất thể chế điều phối vùng, trong đó thành lập Hội đồng điều phối vùng do một Phó Thủ tướng Chính phủ làm Chủ tịch, trình cấp có thẩm quyền xem xét trong năm 2019. Hoàn thiện các cơ chế liên kết, hợp tác bao gồm liên kết các tiểu vùng, các địa phương trong vùng thông qua các mô hình liên kết hợp tác xã, hộ gia đình, doanh nghiệp, người dân...
Tập trung xây dựng Quy hoạch vùng đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt trong quý IV năm 2020. Các địa phương vùng đồng bằng sông Cửu Long chủ trì, phối hợp chặt chẽ với các bộ, ngành liên quan khẩn trương tổ chức lập quy hoạch cấp tỉnh giai đoạn 2021 - 2030 phù hợp với Quy hoạch vùng đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050.
Thủ tướng Chính phủ đề nghị Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh tăng cường phát huy vai trò động lực thúc đẩy liên kết với các địa phương vùng đồng bằng sông Cửu Long và vùng Đông Nam Bộ, đặc biệt trong kết nối hạ tầng, kinh tế, hỗ trợ đầu tư, mở rộng thị trường, tiêu thụ sản phẩm, hình thành chuỗi giá trị khép kín.
Về phát triển hệ thống cơ sở hạ tầng giao thông
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan tập trung đầu tư nguồn lực để hoàn thành, đưa vào sử dụng các công trình, dự án giao thông trọng điểm kết nối đồng bộ giao thông đồng bằng sông Cửu Long với Thành phố Hồ Chí Minh, các tỉnh Đông Nam Bộ và nước bạn Campuchia.
Về các giải pháp ứng phó với biến đổi khí hậu, nước biển dâng, lũ lụt, sạt lở bờ sông, bờ biển
Tại Chương trình hành động tổng thể thực hiện Nghị quyết số 120/NQ-CP đã đưa ra các giải pháp nhằm thực hiện ngay những nhiệm vụ cấp bách về chống sạt lở, sụt lún nghiêm trọng tại một số khu vực bờ biển, bờ sông như bảo vệ bờ biển, củng cố, nâng cấp hệ thống đê biển, kết hợp với hệ thống thủy lợi, hệ thống kè phòng chống xói lở bờ biển; tập trung đầu tư xử lý ngay những đoạn bờ sông, bờ biển bị sạt lở, xói lở nghiêm trọng. Đầu tư các kè tạo bãi trồng rừng ngập mặn; phát triển rừng ngập mặn phục vụ bảo vệ hệ thống đê biển, đê sông, phát triển sinh kế sinh thái gắn với rừng. Bảo đảm nhà ở an toàn trong điều kiện ngập lụt, khô hạn, bão, lũ, giông, lốc, nước biển dâng. Trước mắt đầu tư , xây dưng cụm, tuyến dân cư và nhà ở vùng ngập lũ ; thí điểm xây dựng mô hình nhà, công trình phòng, tránh lốc, bão.