Theo Quyết định số 619/QĐ-TTg, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam tiếp tục đóng vai trò là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, quản lý các hoạt động liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia nhằm quản lý và sử dụng hiệu quả và bền vững tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan trên Lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các Lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam, theo quy định của Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững Lưu vực sông Mê Công, Luật Tài nguyên nước, Luật Bảo vệ môi trường và các văn bản pháp luật có liên quan.
Bên cạnh nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên Lưu vực sông Mê Công, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam sẽ giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các Bộ, ngành, địa phương và các bên có liên quan thông qua các hoạt động theo dõi, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động xuyên biên giới, liên ngành và giúp đôn đốc thực hiện Hiệp định Hợp tác Phát triển Bền vững Lưu vực sông Mê Công và các quy chế, thủ tục liên quan; thực hiện các quy hoạch tài nguyên nước lưu vực toàn lưu vực và quốc gia.
Trên cơ sở chức năng và nhiệm vụ mới, Ủy ban sẽ tiếp tục mở rộng các hoạt động nghiên cứu khoa học công nghệ và đề xuất các giải pháp giảm thiểu tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của các quốc gia thượng nguồn, đặc biệt các dự án dòng chính, tới các vùng lãnh thổ của Việt Nam thuộc Lưu vực sông Mê Công và tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của Việt Nam trong lưu vực sông Mê Công có tác động xuyên biên giới nhằm hướng tới sử dụng và quản lý hiệu quả và bền vững nguồn tài nguyên nước sông Mê Công và bảo vệ quyền lợi của Việt Nam.
Với tầm quan trọng của nguồn tài nguyên nước sông Mê Công đối với vùng Đồng bằng sông Cửu Long nói riêng và Việt Nam nói chung (chiếm tới 53% tổng lượng tài nguyên nước quốc gia), cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đã được nâng tầm vơi việc một Phó Thủ tướng Chính phủ sẽ được phân công giữ chức vụ Chủ tịch Ủy ban, và Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường làm Phó Chủ tịch Thường trực kiêm Ủy viên Hội đồng Ủy hội sông Mê Công quốc tế của Việt Nam. Các thành viên của Ủy ban cũng được mở rộng ra tất cả các Bộ ngành có liên quan và địa phương trong các Lưu vực sông Cửu Long và Sê San và Srê-pôk, tổng cộng là 13 Bộ và cơ quan ngang Bộ và 18 tỉnh/thành phố.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam cũng sẽ thành lập hai Tiểu ban cho các Lưu vực sông Cửu Long và Lưu vực sông Sê San và Srê-pốk.
Quyết định số 619/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ đã bổ sung thêm chức năng, nhiệm vụ của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, giúp thống nhất được nhiệm vụ quản lý lưu vực sông quốc tế và sông liên tỉnh trên lãnh thổ Việt Nam
Ông Lê Đức Trung - Chánh Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam cho biết “Đây là Ủy ban Lưu vực sông liên tỉnh đầu tiên được thành lập ở Việt Nam theo Luật Tài nguyên nước năm 2012, vì vậy các bài học về thành lập và vận hành các tổ chức lưu vực sông này trong hoạt động của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam sẽ giúp thúc đẩy việc thành lập các Ủy ban Lưu vực sông liên tỉnh khác của Việt Nam.Trong bối cảnh thực hiện chủ trương tiếp tục đổi mới, sắp xếp tổ chức theo hướng tinh gọn và hiệu quả, tránh chồng chéo, tận dụng được nguồn lực và kinh nghiệm hiện có, Lãnh đạo Bộ Tài nguyên và Môi trường đã có một đề xuất rất táo bạo và hợp lý thông qua việc mở rộng chức năng nhiệm vụ về quản lý lưu vực sông của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam”.
“Là một cơ quan có rất nhiều kiến thức và kinh nghiệm về các vấn đề có liên quan của Lưu vực sông Mê Công nói chung và hai lưu vực Cửu Long và Sê San và Srê-pôk của Việt Nam nói riêng, và cũng đã tham gia xây dựng Quy hoạch Phát triển Lưu vực và các hoạt động vận hành Ủy hội sông Mê Công quốc tế, tôi tin tưởng là Ủy ban sông Mê Công Việt Nam sẽ nhanh chóng đưa các tổ chức lưu vực sông vào vận hành hiệu quả, đóng góp thiết thực vào các hoạt động thực hiện nhiêm vụ chính trị của các Bộ ngành và địa phương thành viên, đáp ứng các kỳ vọng của các đối tác, các bên có liên quan trong nước và tiểu lưu vực và góp phần vào quản lý thống nhất, hiệu quả và bền vững Lưu vực sông Mê Công” - Ông Trung nhấn mạnh.
Hiện nay, Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đang tích cực chuẩn bị các quyết định phê duyệt thành viên Ủy ban; chuẩn bị dự thảo Quy chế làm việc của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam; chuẩn bị thành lập hai Tiểu ban Lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San- Srêpốk và xây dựng Kế hoạch công tác của Ủy ban cho giai đoạn 2021-2025.
Theo kế hoạch, Hội nghị toàn thể Ủy ban sông Mê Công Việt Nam lần thứ nhất dự kiến sẽ được tổ chức vào tháng 10/2020 tại Đồng bằng sông Cửu Long và do Phó Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam chủ trì.
