Theo đó, cơ cấu tổ chức của Bộ TN&MT được kiện toàn so với Nghị định số 21/2013/NĐ-CP như sau: (1) Sáp nhập Vụ Kế hoạch và Vụ Tài chính thành Vụ Kế hoạch - Tài chính; (2) Thành lập Tổng cục Khí tượng Thủy văn trên cơ sở tổ chức lại, chuyển đổi mô hình hoạt động của Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia và tiếp nhận bộ phận quản lý nhà nước về khí tượng thủy văn tại Cục Khí tượng thủy văn và Biến đổi khí hậu. Sau khi đã kiện toàn, Bộ TN&MT đã giảm 01 tổ chức hành chính trực thuộc Bộ và 73 tổ chức phòng, chi cục thuộc Bộ so với năm 2015; tổ chức lại 03 cục trực thuộc Tổng cục Môi trường thành mô hình vụ.

Thực hiện Nghị định số 36/2017/NĐ-CP của Chính phủ; Quyết định số 1899/QĐ-TTg ngày 28/11/2017 của Thủ tướng Chính phủ về danh sách các đơn vị sự nghiệp thuộc Bộ TN&MT và Quyết định số 2283/QĐ-TTg ngày 25/11/2016 của Thủ tướng Chính phủ quy hoạch mạng lưới các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ TN&MT đến năm 2020, tầm nhìn đến năm 2030, Bộ TN&MT đã tiến hành sắp xếp lại các đơn vị sự nghiệp thuộc và trực thuộc Bộ, theo đó: (1) Sáp nhập, giải thể 06 đơn vị sự nghiệp trực thuộc các tổng cục và 05 đơn vị sự nghiệp trực thuộc các cục trực thuộc Bộ; (2) Thành lập Trường Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ TN&MT trực thuộc Bộ trên cơ sở sáp nhập và tổ chức lại bộ phận thực hiện công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức tại Trường Đại học TN&MT Hà Nội, Tổng cục Môi trường, Tổng cục Quản lý đất đai, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam, Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia, Viện Khoa học Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu; (3) Sáp nhập, giải thể 113 tổ chức phòng, đoàn, trung tâm thuộc các đơn vị sự nghiệp trực thuộc các cục, trường, viện, trung tâm trực thuộc Bộ.

Cơ cấu tổ chức của Bộ TN&MT hiện có 32 đơn vị trực thuộc, gồm: 18 đơn vị thực hiện chức năng quản lý nhà nước (06 Vụ, Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ, 05 Tổng cục, 05 Cục); 14 đơn vị sự nghiệp (03 trung tâm; 05 viện; 02 Trường Đại học; Trường Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ; Báo TN&MT; Tạp chí TN&MT; Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng). Ngoài ra, Bộ còn có Văn phòng Đảng - Đoàn thể; 02 văn phòng các ban chỉ đạo liên ngành do Thủ tướng Chính phủ thành lập (Văn phòng Hội đồng đánh giá trữ lượng khoáng sản quốc gia, Văn phòng Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam); 03 doanh nghiệp 100% vốn nhà nước và Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam.

Tổng số công chức, viên chức và người lao động hiện có tại các đơn vị thuộc Bộ là 10.536 người, trong đó, công chức là 1.126 người; số lượng người làm việc tại các đơn vị sự nghiệp công lập là 6.604 người (trong đó, số người làm việc trong các đơn vị chưa tự chủ là 1.236 người và số người làm việc trong các đơn vị tự chủ chi thường xuyên là 5.368 người); số lao động hợp đồng chuyên môn tại các đơn vị sự nghiệp công lập là 2.480 người (trong đó, số lao động hợp đồng tại các đơn vị chưa tự chủ là 727 người và số lao động hợp đồng tại các đơn vị tự bảo đảm toàn bộ chi thường xuyên là 1.753 người) và số lượng lao động làm việc theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP tại các đơn vị hành chính là 142 người.