Các nguồn ô nhiễm môi trường gia tăng nhanh về số lượng, quy mô và mức độ tác động xấu lên môi trường, làm cho môi trường đất, nước, không khí nhiều nơi bị ô nhiễm, có nơi đã đến mức nghiêm trọng. Vẫn còn cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng chưa được xử lý triệt để, các cơ sở công nghiệp có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao nằm xen lẫn trong khu dân cư chậm được di dời. Các cơ sở sản xuất công nghiệp thuộc loại hình ô nhiễm cao chiếm tỷ lệ lớn hơn so với cơ sở thuộc loại hình ít ô nhiễm, thân thiện với môi trường. Hoạt động sản xuất sạch hơn, kiểm toán chất thải mới chỉ bắt đầu. Ô nhiễm ở các làng nghề tồn tại từ rất lâu nhưng biện pháp khắc phục và giải quyết chưa hiệu quả, triệt để. Một số kết quả đạt được còn mang tính cục bộ, thiếu tính bền vững và chưa được nhân rộng. Nhìn chung, ô nhiễm làng nghề đã và vẫn là nghiêm trọng, gây nhiều bức xúc trong xã hội.

Ô nhiễm không khí vẫn còn diễn biến phức tạp, nhất là ô nhiễm bụi mịn tại các Tp lớn như Hà Nội, Tp. Hồ Chí Minh có xu hướng gia tăng tại một số thời điểm trong ngày và một số ngày trong năm, nhất là khi có sự kết hợp giữa các yếu tố khí tượng, khí hậu, hiện tượng thời tiết sương mù với sự gia tăng các nguồn phát thải ô nhiễm không khí. Chỉ số chất lượng không khí (AQI) có thời điểm vượt ngưỡng an toàn, ảnh hưởng xấu tới sức khỏe người dân.

Nước thải đô thị, nước thải từ các CCN, làng nghề phát sinh ngày càng lớn hầu hết chưa qua xử lý, xả ra môi trường gây ô nhiễm nguồn nước mặt trong các đô thị, khu dân cư; hạ tầng thu gom, xử lý chưa đáp ứng yêu cầu. 

Lượng CTR, CTNH phát sinh ngày lớn, cơ cấu thành phần phức tạp, tính chất nguy hại tăng, trong khi đó, công tác quản lý rác thải sinh hoạt này còn nhiều hạn chế, phần lớn được xử lý theo hình thức chôn lấp, tỷ lệ CTR sinh hoạt được giảm thiểu hoặc tái chế tại các cơ sở xử lý chưa cao; việc phân loại, thu gom, xử lý CTNH phát sinh từ hoạt động sinh hoạt hằng ngày vẫn chưa triển khai thực hiện ở hầu hết các tỉnh, thành phố. Một số địa phương hiện nay chưa có cơ sở xử lý CTNH nên đã gặp rất nhiều khó khăn trong việc xử lý CTNH tại các cơ sở phát sinh và khó khăn trong công tác quản lý cho địa phương. Nhiều loại chất thải công nghiệp, hóa chất nguy hại, bao bì thuốc bảo vệ thực vật tồn lưu, chất thải y tế nguy hại, v.v chưa được xử lý hoặc xử lý chưa đạt yêu cầu. Việc nhập khẩu các công nghệ cũ, chất thải dưới nhiều hình thức vẫn chưa được kiểm soát, ngăn chặn triệt để. 

Việc phục hồi các khu vực bị ô nhiễm, suy thoái mới chỉ thực hiện chậm. Các đề án BVMT lưu vực sông triển khai chậm, kết quả đạt được chưa cao. Tình trạng ô nhiễm môi trường tại các sông, hồ, ao, kênh mương trong các đô thị, khu vực khai thác khoáng sản chậm được khắc phục, xử lý. Vẫn còn nhiều điểm tồn lưu thuốc bảo vệ thực vật, nhiều khu vực đất bị ô nhiễm bởi chất dioxin do chiến tranh để lại chưa được xử lý. 

Các hạn chế trên do một số nguyên nhân chính như sau: quy mô nền kinh tế, dân số ngày càng lớn, mức độ công nghiệp hóa, đô thị hóa ngày càng cao, khai thác tài nguyên, phát sinh các nguồn gây ô nhiễm, chất thải ngày càng lớn, môi trường chịu tác động bởi biến đổi khí hậu, các vấn đề môi trường theo dòng thương mại quốc tế và ô nhiễm xuyên biên giới. Nhận thức của các cấp ủy đảng, chính quyền, đoàn thể và người dân về BVMT chưa đầy đủ, chưa chuyển thành ý thức và hành động cụ thể là thách thức đối với công tác BVMT. Hệ thống chính sách, pháp luật vẫn còn bất cập, thiếu đồng bộ, thiếu nhiều quy định về các vấn đề môi trường mới, chưa theo kịp với những diễn biến nhanh của các vấn đề môi trường và yêu cầu của quá trình hội nhập quốc tế. Tổ chức bộ máy còn chưa phù hợp, tương xứng; chức năng, nhiệm vụ chồng chéo, hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước thấp; công tác tổ chức thực hiện pháp luật về bảo vệ môi trường còn hạn chế. Đầu tư, chi thường xuyên từ ngân sách nhà nước, huy động các nguồn lực trong xã hội còn hạn chế, chưa đáp ứng yêu cầu. Khoa học và công nghệ chưa có nhiều đóng góp thiết thực, đột phá cho công tác BVMT; thiếu chủ động và chưa tận dụng được nhiều cơ hội trong hội nhập và hợp tác quốc tế cho BVMT.