Chương trình đã tập trung vào 7 nội dung nghiên cứu chủ yếu sau: 

Một là, nghiên cứu cơ sở khoa học cho phát triển bền vững kinh tế - xã hội kết hợp với đảm bảo an ninh, quốc phòng trên một số vùng biển, đảo và ven biển; Chú trọng phục vụ cho một số ngành kinh tế biển và vùng biển trọng điểm co ý nghĩa chiến lược; 

Hai là, nghiên cứu một số vấn đề luật pháp và các vấn đề liên quan bảo đảm cơ sở khoa học cho việc hoạch định đường lối, chính sách quản lý biển; vấn đề xác định và bảo vệ chủ quyền, lợi ích quốc gia; quan hệ đối ngoại về biển phù hợp với công ước Luật biển năm 1982 của Liên Hiệp quốc; 

Ba là, nghiên cứu một số vấn đề cơ bản, các quá trình chủ yếu của Biển Đông làm cơ sở khoa học cho việc nâng cao chất lượng dự báo biển, mở rộng việc tìm kiếm khoáng sản, dầu khí,..bảo đảm an toàn và hiệu quả cho các hoạt động kinh tế quốc phòng trên biển; phục vụ quản lý, khai thác hợp lý nguồn lợi và bảo vệ môi trường sinh thái biển; 

Bốn là, nghiên cứu và ứng dụng phương pháp, công nghệ tiên tiến đánh giá, dự báo khai thác nguồn lợi biển ở một số vùng trọng điểm về kinh tế và an ninh quốc phòng nhằm tạo ra các sản phẩm có giá trị khoa học, kinh tế cao phục vụ phát triển khai thác và nuôi trồng hải sản, khai thác nguồn hợp chất thiên nhiên có giá trị từ sinh vật biển; 

Năm là, nghiên cứu, đề xuất và áp dụng các quy trình công nghệ tiên tiến trong thiết kế, thi công, sửa chữa và xây dựng các công trình kinh tế, quốc phòng biển nhằm kéo dài tuổi thọ, phù hợp với môi trường biển Việt Nam; 

Sáu là, nghiên cứu lựa chọn kỹ thuật và giải pháp phù hợp phục hồi các hệ sinh thái biển suy thoái ở một số vùng biển trọng điểm nhằm bảo vệ và phát triển bền vững; nghiên cứu một số vấn đề về tai biến địa chất biển, cửa sông ven biển, đảo và đề xuất biện pháp xử lý, khắc phục; 

Bảy là, nghiên cứu giải pháp hạn chế, ngăn chặn có hiệu quản quá trình ô nhiễm và suy thoái môi trường biển, bảo vệ và phát triển bền vững các hệ sinh thái biển và ven biển.

Kết quả đạt được nổi bật đã cung cấp cơ sở khoa học cho phát triển bền vững và quản lý tổng hợp vùng ven bở biển (đới bờ biển). Đây là nơi các hoạt động kinh tế xã hội diễn ra sôi động đặc biệt là trong những năm đổi mới và hội nhập quốc tế, đã đem lại những thành tựu về kinh tế to lớn song cũng tạo ra những vấn đề về suy thoái tài nguyên, môi trường sinh thái. Kết quả nghiên cứu trên giúp cho các cấp quản lý hoạch định chính sách biển (trong đó kết quả nghiên cứu về phân vùng quản lý tổng hợp dải ven bờ biển đã đáp ứng nhiệm vụ đặt hàng của Bộ Tài nguyên và Môi trường). Mô hình quản lý tổng hợp và phát triển bền vững dài ven bờ tây vịnh Bắc Bộ đáp ứng yêu cầu quy hoạch phát triển vùng kinh tế trọng điểm Hà Nội – Hải Phòng – Quảng Ninh gắn liền với hành lang kinh tế ven bờ Vịnh Bắc Bộ Việt Nam và Trung Quốc. Mô hình quản lý và phát triển bền vững đới bờ biển các tỉnh Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế đáp ứng mục tiêu quy hoạch và phát triển kinh tế dải ven biển bắc Trung Bộ trong sự phát triển của hành lang kinh tế đông tây.

Những kết quả về công nghệ dự báo khí tượng, thủy văn biển, dự báo tiền năng khoáng sản dầu khí tiềm năng năng lượng biển và công nghệ lắp đặt hệ thống thông tin không dây là những căn cứ khoa học cho các phương án khai thác tài nguyên và đảm bảo an ninh quốc phòng trên quần đảo Trường Sa và các vùng biển trọng yếu của đất nước.

Những kết quả ứng dụng công nghệ tiên tiến trong đánh giá, dự báo khai thác nguồn lợi biển ở một số vùng biển xa bờ là những nơi có tầm quan trọng về kinh tế và an ninh quốc phòng đó là: quy trình công nghệ sàng lọc, tách chiết các hợp chất có hoạt tính sinh học theo định hướng kháng sinh, gây độc tố tế bào và chống ô xy hóa từ sinh vật biển đã tạo ra các sản phẩm có giá trị dược dụng mở ra triển vọng khai thác dược liệu từ sinh vật biển Việt Nam. Quy trình công nghệ dự báo ngư trường phục vụ khai thác hải sản xa bờ đã được ngư dân các tỉnh Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa ứng dụng thử nghiệm đạt hiệu quả cao bước đầu đáp ứng quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa ngành khai thác hải sản;

Bản đồ địa chất công trình, hệ thống các chỉ tiêu kỹ thuật cho nền móng san hô đã được áp dụng trong thiết kế, thi công, sửa chữa và xây dựng các công trình kinh tế, quốc phòng trên các vùng biển đã nâng cao tính bền vững và ổn định của công trình, hạn chế những rủi ro mà trước đây đã từng gặp phải gây tổn thất về kinh tế;

Các kết quả nghiên cứu hoạt động kiến tạo trẻ, kiến tạo hiện đại và địa động lực Biển Đông bằng phương pháp tiên tiến là cơ sở khoa học tin cậy cho biệc dự báo tai biến địa chất – sóng thần có giá trị dự báo tai biến thiên nhiên. Kết quả đánh giá hiện trạng suy thoái của các hệ sinh thái biển và luận chứng khoa học cho việc xây dựng 4 khu bảo tồn biển ( Phú Quốc, Côn Đảo, Cồn Cỏ và Bạch Long Vĩ) đáp ứng mục tiêu hồi phục các hệ sinh thái biển và duy trì tính đa dạng sinh học ở các vùng trọng điểm nhằm bảo vệ và phát triển bền vững.

Cơ sở khoa học cho quy trình công nghệ cảnh báo và dự báo sớm hiện tượng thủy triều đỏ và phát triển tảo độc hại, quy trình công nghệ dự báo lan truyền ô nhiễm dầu do sự cố đã đóng góp phần hạn chế, ngăn chặn có hiệu quả quá trình ô nhiễm và suy thoái môi trường biển, bảo vệ và phát triển bền vững các hệ sinh thái biển và ven biển.

Như vậy, Chương trình đã góp phần xây dựng luận cứ khoa học cho phát triển bền vững kinh tế - xã hội và quản lý tổng hợp vùng biển, đảo, vùng ven biển nước ta; Đề xuất các cơ chế chính sách phát triển kinh tế - xã hội kết hợp với bảo đảm an ninh quốc phòng theo hướng công nghiệp hóa, hiện đại hóa và bền vững; làm rõ một số vấn đề cơ bản của Biển Đông; nghiên cứu, đề xuất kiến nghị việc áp dụng các phương pháp tiên tiến cho dự báo biển, nuôi trồng, khai thác, quản lý nguồn lợi hải sản, xây dựng công trình biển, phục vụ cho việc điều tra, tìm kiếm khoáng sản, phát triển các ngành kinh tế biển (công nghiệp khai thác, vận tải, du lịch, dịch vụ hàng hải), bảo vệ môi trường sinh thái và an ninh quốc phòng biển; nâng cao tiềm lực và khả năng hội nhập quốc tế về khoa học và công nghệ biển Việt Nam.