Mục tiêu của Chương trình “Nghiên cứu khoa học và công nghệ phục vụ quản lý biển, hải đảo và phát triển kinh tế biển” là: Cung cấp các luận cứ khoa học cho việc hoạch định và hoàn thiện hệ thống chính sách, pháp luật về biển và khung thể chế quản lý tổng hợp và thống nhất về biển, vùng ven biển và hải đảo, bảo vệ chủ quyền quốc gia đối với các vùng biển và hải đảo của Việt Nam; Cung cấp luận cứ khoa học cho việc khai thác hợp lý tài nguyên biển và hải đảo; quy hoạch không gian biển phục vụ phát triển bền vững kinh tế biển; Ứng dụng có hiệu quả các giải pháp khoa học và công nghệ mới, tiên tiến trong giám sát, điều tra tài nguyên, môi trường biển; phòng tránh thiên tai trên biển, đảo. Chú trọng triển khai KHCN biển liên quan đến vùng nước sâu và xa bờ nhằm khẳng định chủ quyền và đảm bảo an ninh quốc phòng trên vùng biển và hải đảo Việt Nam; Tạo một bước chuyển biến mới về công nghệ nghiên cứu biển và nâng cao tiềm lực khoa học công nghệ biển thông qua việc đẩy mạnh hợp tác quốc tế trong nghiên cứu một số vấn đề quan trọng của Biển Đông.

Các nội dung nghiên cứu chính của Chương trình bao gồm: Xây dựng các luận cứ khoa học, thực tiễn phục vụ cho việc hoạch định và hoàn thiện hệ thống chính sách, pháp luật về biển và khung thể chế quản lý tổng hợp và thống nhất về biển, vùng ven biển và hải đảo Việt Nam; Nghiên cứu cơ sở khoa học, thực tiễn và pháp lý và hướng dẫn kỹ thuật cho công tác phân vùng chức năng và quy hoạch không gian biển phục vụ việc xây dựng kế hoạch khai thác và sử dụng hợp lý bền vững các vùng biển, ven biển và hải đảo Việt Nam; Nghiên cứu các trường địa vật lý, cấu trúc địa chất, địa chất công trình, cơ chế địa động lực hình thành và phát triển thềm lục địa Viêt Nam; quy luật hình thành các loại hình khoáng sản quan trọng liên quan (dầu khí, khoáng sản rắn và khí hydrate) phục vụ xác định chính xác ranh giới ngoài của thềm lục địa nước ta, mở rộng công tác tìm kiếm thăm dò và khai thác khoáng sản đặc biệt là ở vùng biển nước sâu; Nghiên cứu các trường khí tượng thủy văn, các trường âm, trường thuỷ động lực biển Việt Nam phục vụ yêu cầu khảo sát ngầm dưới nước, hàng hải và quốc phòng, an ninh dưới đáy biển; Triển khai ứng dụng quy trình công nghệ dự báo ngư trường và kiểm chứng nâng cao hiệu quả dự báo phục vụ khai thác hải sản xa bờ; Nghiên cứu áp dụng các công nghệ tiên tiến trong thiết kế, xây dựng các công trình trên biển, ven biển, trên các đảo ven bờ và quần đảo xa bờ (quần đảo Trường Sa, Hoàng Sa và các công trình DK); Hợp tác quốc tế trong nghiên cứu một số vấn đề quan trọng của Biển Đông: tương tác sông - biển cửa sông Hồng, sông Cửu Long; cấu trúc địa chất và hoạt động kiến tạo của biển Đông; đánh giá về tài nguyên, môi trường biển (chú trọng đến các đối tác chính là Liên bang Nga, CHLB Đức, Hoa Kỳ, Nhật Bản).

Chương trình nghiên cứu đã đạt được một số kết quả nổi bật, trong đó đã xây dựng được Bộ cơ sở dữ liệu theo các nội dung liên quan và tài liệu gốc: Tập bản đồ về cấu trúc địa chất được xây dựng trên cơ sở các tài liệu thực địa mới nhất, phân tích, đối sánh và tổng hợp với các kết quả nghiên cứu trước đây, thể hiện rõ về bối cảnh kiến tạo-địa động lực Biển Đông Việt Nam trong kiến tạo khu vực Đông Nam Á và thế giới; Tập bản đồ phân vùng chức năng biển đảo Việt Nam làm cơ sở khoa học phục vụ nâng cao năng lực quản lý Nhà nước về bảo vệ chủ quyền, tài nguyên và môi trường vùng biển đảo Việt Nam, đặc biệt vùng thềm lục địa và vùng đặc quyền kinh tế.

Đặc biệt đã đề xuất về thể chế, chính sách, giải pháp theo các nội dung liên quan: Cơ sở khoa học cho việc bảo vệ chủ quyền, đàm phán thực hiện luật khai thác chung giữa các quốc gia có biển tranh chấp; Cơ sở khoa học, thực tiễn và các giải pháp phát triển kinh tế - xã hội bền vững, đảm bảo an ninh quốc phòng hệ thống các huyện đảo Trung Bộ và Nam Bộ (phần biển Đông) của Việt Nam; Các giải pháp khoa học công nghệ nhằm nâng cao hiệu quả sử dụng các phương tiện kỹ thuật, các công trình tại các đảo san hô xa bờ, khu vực DKI phục vụ phát triển kinh tế và an ninh quốc phòng; Các mô hình dự báo theo các nội dung liên quan.