Chương trình đã đạt được những kết quả nổi bật trong việc hoàn thiện chính sách, pháp luật về quản lý biển, hải đảo và phát triển kinh tế biển. Cụ thể: 

Thứ nhất, nghiên cứu xây dựng, hoàn thiện luận cứ khoa học và cơ sở pháp lý, lịch sử phục vụ đấu tranh bảo vệ chủ quyền biển đảo Việt Nam; Hoạch định và hoàn thiện hệ thống chính sách, pháp luật về biển và khung thể chế quản lý tổng hợp và thống nhất về biển và hải đảo Việt Nam; 

Thứ hai, nghiên cứu cơ sở khoa học và thực tiễn cho công tác quản lý tổng hợp đới bờ, phân vùng chức năng và quy hoạch không gian biển (đặc biệt vùng biển và hải đảo xa bờ); 

Thứ ba, hoàn thiện các mô hình và các giải pháp khai thác sử dụng tài nguyên, bảo vệ môi trường theo hướng phát triển bền vững các vùng biển và hải đảo Việt Nam; 

Thứ tư, nghiên cứu cấu trúc – kiến tạo, tai biến địa chất, trường địa vật lý, địa chất công trình vùng biển Việt Nam (đặc biệt là các vùng nước sâu xa bờ), chính xác hóa ranh giới ngoài của thềm lục địa Việt Nam; 

Thứ năm, đánh giá tiềm năng và quy luật phân bố khoáng sản rắn, vật liệu xây dựng và khoáng sản năng lượng (dầu khí và khí Hydrat); 

Thứ sáu, nghiên cứu và hoàn thiện quy trình công nghệ, mô hình dự báo các trường khí tượng – thủy văn, các quá trình tương tác biển – khí quyển, biển – lục địa và các dạng tai biến liên quan; 

Thứ bảy, nghiên cứu đánh giá, phục hồi, bảo vệ các hệ sinh thái đặc thù, đa dạng sinh học và nguồn lợi sinh vật vùng biển Việt Nam; 

Thứ tám, nghiên cứu lựa chọn các giải pháp bảo tồn, phục hồi và phát triển bền vững tài nguyên sinh vật; Ứng dụng và phát triển các công nghệ khai thác, nuôi trồng và chế biến nguồn lợi sinh vật; 

Thứ chín, nghiên cứu diễn biến các hệ vùng cửa sông ven biển từ Holocen đến nay, xói lở - bồi tụ bờ biển, dự báo xu thế biến động; 

Thứ mười, xây dựng cơ sở khoa học, các giải pháp công nghệ, chính sách khai thác, giảm thiểu tai biến phục vụ xây dựng cơ sở hạ tầng và quản lý theo hướng phát triển bền vững; 

Thứ mười một, nghiên cứu, ứng dụng các giải pháp khoa học và công nghệ mới, tiên tiến thúc đẩy phát triển kinh tế biển, tập trung vào các ngành: sản xuất năng lượng, giao thông vận tải, nuôi trồng chế biến hải sản, du lịch, dịch vụ biển và hải đảo; giải pháp xử lý nước biển thành nước ngọt quy mô nhỏ và vừa.

Qua Chương trình, các kết quả đạt được là xây dựng Bộ cơ sở dữ liệu gồm các tư liệu, số liệu đã được chuẩn hóa về điều kiện tự nhiên và cơ sở pháp lý, lịch sử phục vụ cho việc đấu tranh bảo vệ chủ quyền biển đảo Việt Nam; các bản đồ chuyên đề về địa hình – địa mạo, địa chất – khoáng sản; về trường địa vật lý, các trường khí tượng – thủy văn...; các tư liệu, số liệu, bản đồ về các hệ sinh thái đặc thù, đa dạng sinh học và nguồn lợi sinh vật vùng biển Việt Nam.

Các thể chế, chính sách về biển được đề xuất gồm: các thể chế và chính sách quản lý khai thác tài nguyên của đới bờ và vùng biển Việt Nam; Chính sách quản lý tổng hợp đới bờ, vùng cửa sông và vùng biển Việt Nam.

Bên cạnh đó, Chương trình đã xây dựng các mô hình và giải pháp công nghệ phát triển kinh tế biển như Mô hình quản lý tổng hợp đới bờ; Mô hình phát triển bền vững các vùng cửa sông, hệ thống đảo; Công nghệ khai thác, nuôi trồng, chế biến nguồn lợi sinh vật; Giải pháp công trình giảm thiểu xói lở bờ biển; Công nghệ dự báo khí tượng thủy văn, môi trường và thiên tai biển

Sách chuyên khảo, bài báo khoa học và báo cáo hội nghị khoa học bám sát theo 7 nội dung nghiên cứu; được đăng trên các tạp chí chuyên ngành uy tín trong và ngoài nước có nội dung liên quan đến kết quả nghiên cứu của các nhiệm vụ; được trình bày trong các hội nghị toàn quốc hoặc quốc tế.

Qua đó, Chương trình nghiên cứu khoa học và công nghệ trọng điểm đã hiết lập, nhằm hoàn thiện các luận cứ khoa học về điều kiện tự nhiên, hệ thống chính sách, pháp luật về biển phục vụ đảm bảo an ninh, an toàn trên các vùng biển, chính xác hóa ranh giới ngoài của thềm lục địa Việt Nam theo công ước của Liên hiệp quốc về Luật biển 1982 góp phần đấu tranh bảo vệ chủ quyền các vùng biển và hải đảo của Việt Nam; đề xuất các giải pháp hiệu quả cho khai thác sử dụng, phục hồi nguồn lợi, tài nguyên vùng biển và hải đảo; Phát triển các mô hình quy hoạch, quản lý, sử dụng không gian đới bờ, vùng biển và hải đảo xa bờ; ứng dụng các công nghệ tiên tiến trong dự báo, cảnh báo tai biến tự nhiên phục vụ phát triển bền vững kinh tế biển và bảo vệ môi trường.