Các nhiệm vụ thực hiện gồm: Điều tra thực trạng các loài sinh vật ngoại lai xâm hại và có nguy cơ xâm hại trên phạm vi toàn quốc; đặc biệt chú trọng các khu bảo tồn thiên nhiên, hệ sinh thái nông nghiệp và hệ sinh thái rừng; Tiếp tục triển khai thực hiện hiệu quả Đề án ngăn ngừa và kiểm soát loài ngoại lai xâm hại đến năm 2020; Tăng cường hợp tác, trao đổi và học tập kinh nghiệm nâng cao năng lực kỹ thuật, chuyên môn của các cơ quan, đơn vị các cấp về quản lý an toàn sinh học đối với sinh vật biến đổi gen; Tăng cường đầu tư cơ sở vật chất, nguồn lực thực hiện các biện pháp kiểm tra, kiểm soát rủi ro của sinh vật biến đổi gen đối với môi trường và đa dạng sinh học;  Xây dựng và ban hành các văn bản pháp luật về nghĩa vụ pháp lý và bồi thường trong hoạt động quản lý an toàn sinh học đối với sinh vật biến đổi gen.

Công tác kiểm soát du nhập các loài ngoại lai xâm hại đã được quy định tại Luật Đa dạng sinh học năm 2008. Tiếp đó, ngày 17/12/2012, Đề án ngăn ngừa và kiểm soát sinh vật ngoại lai xâm hại ở Việt Nam đến năm 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định 1896/QĐ-TTg. Gần đây, Bộ TN&MT đã tiến hành rà soát, đánh giá và ban hành Thông tư số 35/2018/TT-BTNMT ngày 28 tháng 12 năm 2018 quy định Tiêu chí xác định loài ngoại lai xâm hại và loài ngoại lai có nguy cơ xâm hại thay thế cho Thông tư liên tịch giữa Bộ TN&MT và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn số 27/2013/TTLT-BTNMT- BNNPTNT ngày 26/9/2013 quy định tiêu định tiêu chí xác định loài ngoại lai xâm hại và ban hành danh mục loài ngoại lai xâm hại. Trên cơ sở đó, danh mục loài ngoại lai xâm hại đã giảm từ 25 loài năm 2013 xuống còn 19 loài và Danh mục loài ngoại lai có nguy cơ xâm hại giảm từ 56 năm 2013 xuống 51 loài.

Công tác tăng cường quản lý rủi ro từ sinh vật biến đổi gen cũng đã được quy định tại Luật Đa dạng sinh học năm 2008. Chính phủ đã ban hành Nghị định số 69/2010/NĐ-CP ngày 21/6/2010 về an toàn sinh học đối với sinh vật biến đổi gen, mẫu vật di truyền và sản phẩm của sinh vật biến đổi gen và Nghị định số 108/2011/NĐ-CP ngày 30/11/2011 sửa đổi Nghị định 69. Ngoài ra, đã có 10 thông tư  do các Bộ có liên quan ban hành, quan trọng như Thông tư số 08/2013/TT-BTNMT ngày 16/5/2013 quy định trình tự, thủ tục cấp và thu hồi Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen; Thông tư số 13/2013/TT-BTNMT ngày 21/6/2013 quy định quy trình kỹ thuật và định mức kinh tể - kỹ thuật trong phát hiện SCBĐG bằng phương pháp phân tích định tính, định lượng axit deoxyribonucleric. Kết quả thực hiện: Hệ thống quản lý an toàn sinh học do 02 Bộ chủ trì, Bộ TN&MT và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, dần được hình thành và đi vào hoạt động. Kết quả, trong năm 2014-2016, công tác quản lý an toàn sinh học đối với sinh vật biến đổi gen đã có những bước tiến đáng kể, Bộ TN&MT đã tiến hành thẩm định và cấp giấy chứng nhận an toàn sinh học cho 05 sự kiện ngô biến đổi gen; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tiến hành thẩm định và cấp giấy xác nhận thực vật biến đổi gen đủ điều kiện làm thực phẩm, thức ăn chăn nuôi cho 13 sự kiện ngô biến đổi gen và 8 sự kiến đậu tương biến đổi gen. Ngoài ra, đã tiến hành các hoạt động tăng cường năng lực, nâng cao nhận thức về sinh vật biến đổi gen và công khai thông tin về sinh vật biến đổi gen đối với môi trường, đa dạng sinh học, sức khỏe con người và vật nuôi.