Hiện nay vẫn chưa có cơ chế quản lý riêng đối với loại hình và mức độ ô nhiễm môi trường; hệ thống tiêu chuẩn, quy chuẩn về môi trường còn chưa đầy đủ, chưa đồng bộ. Công tác kiểm soát ô nhiễm môi trường còn nhiều bất cập, giai đoạn 2013-2016 đã xảy ra nhiều sự cố môi trường, trong đó đặc biệt nghiêm trọng là sự cố do Công ty TNHH Hưng Nghiệp Hà Tĩnh Formosa gây ra. Việc xử lý ô nhiễm ở các làng nghề còn rất yếu kém so với yêu cầu Kết quả thực hiện Chương trình Mục tiêu quốc gia về khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường giai đoạn 2012 - 2015: vẫn còn 36/47 làng nghề chưa được đầu tư kinh phí xử lý ô nhiễm; vẫn còn 42/47 làng nghề ô nhiễm nghiêm trọng chưa được xử lý, khoảng 40% chất thải rắn sinh hoạt nông thôn chưa được thu gom, xử lý. Tỉ lệ làng nghề có điểm thu gom chất thải rắn công nghiệp đạt 20,9% tổng số làng nghề có chất thải rắn công nghiệp. Tỉ lệ làng nghề có hệ thống xử lý nước thải tâp trung đạt tiêu chuẩn môi trường đạt 16,1%.

Môi trường lưu vực sông Cầu, sông Nhuệ - sông Đáy và sông Đồng Nai chưa có nhiều cải thiện; tình trạng ô nhiễm môi trường các dòng sông còn xảy ra nhiều nơi, đặc biệt là các đoạn sông chảy qua các đô thị, khu công nghiệp. Tình trạng ô nhiễm sông Nhuệ do nước thải từ các làng nghề, các cơ sở công nghiệp, các khu đô thị của Hà Nội gây tác động lớn đến sản xuất, sinh hoạt của người dân Hà Nam chưa được cải thiện trong suốt nhiều năm qua.

Việc giảm thiểu, tái sử dụng, tái chế chất thải chưa đạt như mong đợi; tỷ lệ chất thải rắn sinh hoạt đô thị phải chôn lấp còn cao (khoảng 70-75%), Tỉ lệ tái chế thấp (~8-12%); việc ứng dụng công nghệ đốt, thu hồi năng lượng từ chất thải còn rất hạn chế. Các biện pháp ngăn chặn chất thải từ túi nilon khó phân hủy chưa đạt nhiều kết quả; ô nhiễm môi trường biển do chất thải nhựa đang là vấn đề lớn.