Mặc dù diện tích và độ che phủ tăng, nhưng chất lượng và tính đa dạng sinh học của hệ sinh thái rừng tiếp tục suy giảm. Việc thành lập mới và mở rộng diện tích các khu bảo tồn thiên nhiên còn chậm, đến 2017, diện tích của 169 Khu bảo tồn trên toàn quốc mới chỉ đạt ~2,1 triệu ha.  

Đến năm 2019, cả nước có 172 khu bảo tồn với diện tích 2.493.843,67 ha. Hệ sinh thái biển, ven biển và đất ngập nước tiếp tục suy giảm. Các loài động thực vật, nguồn gien tiếp tục suy giảm. 

Theo Sách Đỏ của IUCN, năm 1996 mới chỉ có 25 loài động vật của Việt Nam ở mức nguy cấp thì đến năm 2014, con số này đã lên tới 188; tháng 7 năm 2014, IUCN đã đưa thêm tê tê Java (Manis javanica) và tê tê vàng (Manis pentadactyla) vào Sách Đỏ. 

Theo Nghị định số 160/2013/NĐ-CP, Việt Nam có 83 loài động vật, 17 loài thực vật, 15 giống cây trồng và 6 giống vật nuôi nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ. Trong đó tình trạng suy giảm loài đang có nguy cơ tăng dần do việc tiêu thụ ngày càng nhiều thực phẩm, đồ trang trí từ động vật hoang dã. Kết quả khảo sát sử dụng động vật hoang dã tại Hà Nội năm 2014 của Viện Xã hội học và Cục Bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học cho thấy 19% người trả lời có ý định hoặc tiếp tục sử dụng thực phẩm làm từ động vật hoang dã trong đó 34% sử dụng làm thuốc và 17% sử dụng đồ trang trí. 

Mỗi năm Việt Nam ước tính có khoảng 3.700 - 4.500 tấn động vật hoang dã (trừ các loài thủy hải sản) bị sử dụng làm thực phẩm, thuốc, đồ trang trí và vật nuôi. Ngoài ra, có hơn 20.000 tấn cây thuốc được tiêu thụ hàng năm. 

Một số loài quý, hiếm như tê giác Java và bò xám hiện đã tuyệt chủng trong tự nhiên; các loài khác như hổ, voi và một số loài linh trưởng, rùa…, quý, hiếm, đặc hữu hiện cũng đang phải đối mặt với nguy cơ tuyệt chủng do các hoạt động khai thác lâm sản và săn bắt, buôn bán động vật hoang dã trái phép.