Cụ thể, có 6 chương trình, đề án được phê duyệt và thực hiện độc lập gồm: (i) Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với BĐKH giai đoạn 2012 -2015; (ii) Chương trình khoa học công nghệ quốc gia về BĐKH; (iii) Hiện đại hóa công nghệ dự báo và mạng lưới quan trắc khí tượng thủy văn đến năm 2020; (iv) Đề án kiểm kê, giám sát phát thải KNK và quản lý các hoạt động giảm nhẹ phát thải KNK; (v) Chương trình ứng phó với BĐKH cho các đô thị lớn của Việt Nam, ưu tiên thực hiện các dự án chống ngập úng các thành phố: Hồ Chí Minh, Hà Nội và Cần Thơ; (vi) Chương trình nâng cấp và cải tạo hệ thống đê biển từ Quảng Ninh đến Quảng Nam và từ Quảng Ngãi đến Kiên Giang, đê sông hệ thống sông Hồng -sông Thái Bình và các sông khu vực Bắc Trung Bộ.

Các chương trình được thực hiện lồng ghép vào các chương trình, đề án khác hoặc thông qua thực hiện chức năng quản lý nhà nước của cơ quan chủ trì bao gồm: (i) Chương trình đồng bằng sông Cửu Long và Chương trình đồng bằng sông Hồng về quản lý tài nguyên nước và thích ứng với BĐKH; (ii) Đề án nâng cấp hệ thống chăm sóc sức khỏe cộng đồng phù hợp với điều kiện BĐKH và nước biển dâng; (iii) Chương trình phát triển kinh tế-xã hội các đảo dân sinh ứng phó hiệu quả với BĐKH và nước biển dâng và (iv) Đề án xây dựng thí điểm mô hình cộng đồng ứng phó hiệu quả với BĐKH. Có thể kể ra một số ví dụ về đề án, nhiệm vụ được phê duyệt lồng ghép ở các bộ, ngành như: Đề án nâng cấp hệ thống chăm sóc sức khỏe cộng đồng phù hợp với điều kiện BĐKH và nước biển dâng được thực hiện lồng ghép trong triển khai Kế hoạch hành động ứng phó với BĐKH của ngành y tế giai đoạn 2010-2015 (Quyết định 3557/QĐ-BYT ngày27 tháng 9 năm 2010); Đề án xây dựng thí điểm mô hình cộng đồng ứng phó hiệu quả với BĐKH do Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì được lồng ghép trong Chương trình mục tiêu quốc gia ứng phó với BĐKH giai đoạn 2012-2015 và triển khai thực hiện tại một số địa phương như Hà Tĩnh và Quảng Bình.

Dù theo hình thức được phê duyệt và thực hiện độc lập, được thực hiện lồng ghép vào các chương trình, đề án khác hay được thực hiện thông qua chức năng quản lý nhà nước của cơ quan chủ trì các chương trình, đề án ưu tiên trong Kế hoạch hành động quốc gia giai đoạn2012-2020 đều đã được triển khai thực hiện và đạt được những kết quả quan trọng. Tuy là các chương trình, đề án ưu tiên trong Kế hoạch hành động quốc gia nhưng các chương trình, đề án này đều phải triển khai kéo dài do thiếu vốn hoặc chậm được phê duyệt dẫn đến hạn chế hiệu quả chung của Kếhoạch hành động quốc gia giai đoạn 2012-2020.