Công tác quản lý những ứng dụng của công nghệ gen tái tổ hợp và sinh vật BĐG là vấn đề được quan tâm đặc biệt của rất nhiều quốc gia trên thế giới. Úc (Australia), Hoa Kỳ, Canada, Trung Quốc... là những quốc gia điển hình, từ rất sớm đã xây dựng được hệ thống chính sách và quản lý an toàn sinh học (ATSH) quốc gia hoạt động có hiệu quả. Các quốc gia này đều giao cho một số cơ quan chịu trách nhiệm quản lý ATSH với các lĩnh vực quản lý chuyên ngành cụ thể. Bên cạnh đó, việc xây dựng các cơ chế phối hợp hoạt động của các cơ quan có thẩm quyền quốc gia cũng như thành lập các Hội đồng ATSH cơ sở hay Hội đồng tư vấn quốc gia cũng được triển khai ở nhiều quốc gia để tăng tính hiệu quả của công tác quản lý sinh vật BĐG và sản phẩm của chúng.

Bên cạnh các nỗ lực của quốc gia, rất nhiều tổ chức phi Chính phủ và tổ chức hợp tác song phương, đa phương quốc tế như Tổ chức Hợp tác và Phát triển Kinh tế, Chương trình Môi trường Liên hiệp quốc cũng đã và đang tham gia tư vấn xây dựng các quy chế thích hợp để quản lý an toàn sinh vật BĐG và sản phẩm của chúng, cũng như hỗ trợ kỹ thuật để thực thi vấn đề này.

Việc nghiên cứu tác động của cây trồng BĐG đối với môi trường cần trải qua việc đánh giá về nguy cơ của cây trồng BĐG đối với môi trường và đa dạng sinh học (ĐDSH), những rủi ro mà môi trường và ĐDSH có thể phải tiếp nhận. Quy trình đánh giá rủi ro bao gồm: đánh giá về các đặc tính của cây trồng BĐG và những ảnh hưởng, tính ổn định của các đặc tính đó trong môi trường, kết hợp cùng với những đặc điểm sinh thái của môi trường nơi thử nghiệm. Đánh giá cũng bao gồm những tác động ngoài mong đợi từ kết quả của việc chèn các gen mới. Việc đánh giá tính an toàn của cây trồng BĐG đối với môi trường và ĐDSH bao gồm việc chứng minh được khả năng phát tán các gen biến đổi vào quần thể hoang dã; sự lưu giữ các đặc tính của gen đã biến đổi sau khi thu hoạch; tính nhạy cảm của các sinh vật phi mục tiêu đối với các sản phẩm gen; tính ổn định của gen; tính giảm bớt về quang phổ của các cây trồng khác bao gồm mất ĐDSH; và việc tăng cường sử dụng hóa chất trong nông nghiệp. Các khía cạnh an toàn môi trường của cây trồng BĐG thay đổi tùy thuộc đáng kể vào điều kiện của từng quốc gia.

Liên minh châu Âu (EU) quản lý rủi ro dựa trên nguyên tắc phòng ngừa và quản lý: ban hành các quy trình và tiêu chí thống nhất cho đánh giá từng trường hợp rủi ro tiềm ẩn (thông báo trước mang tính bắt buộc đối với bên được cấp phép; đánh giá rủi ro môi trường toàn diện; các thông tin chi tiết về cây trồng BĐG; các điều kiện giải phóng; tương tác với môi trường; giám sát; kế hoạch loại bỏ và kế hoạch khẩn cấp; dán nhãn và đóng gói sản phẩm).

Úc (Australia) quản lý rủi ro theo nhóm hoạt động liên quan đến cây trồng BĐG: i) Các hoạt động liên quan đến cây trồng BĐG không yêu cầu giấy phép (chủ yếu là các kỹ thuật phòng thí nghiệm được sử dụng an toàn trong nhiều năm, rủi ro thấp nhất khi tiến hành trong điều kiện cách ly); ii) Các giao dịch có rủi ro thấp phải khai báo; iii) Các giao dịch phải được cấp phép, trong đó có các giao dịch với cây trồng BĐG không liên quan đến giải phóng chủ đích vào môi trường và các giao dịch liên quan đến giải phóng chủ đích.

Hoa Kỳ dựa trên cách tiếp cận các sản phẩm BĐG là các sản phẩm mở rộng của các sản phẩm truyền thống, Chính phủ Hoa Kỳ đã sử dụng các Luật hiện có để đảm bảo an toàn của các sản phẩm BĐG.

Canada quản lý dựa trên một số nguyên tắc: i) Tập trung vào các đặc tính của sản phẩm (product characteristics), thay vì phương pháp sản xuất. Ở thời điểm hiện tại, tất cả sản phẩm được tạo ra từ kỹ thuật di truyền (các sản phẩm tái tổ hợp) được đánh giá những tác động không mong muốn có thể hình thành do việc chuyển vào những gen ngoại lai hoặc những trình tự ADN; ii) Tiến hành các đánh giá cho từng sản phẩm trên cơ sở những đặc tính mới của chúng và xây dựng các mức độ quản lý an toàn thích hợp dựa trên những thông tin khoa học tốt nhất.

Trong khu vực Đông Nam Á, Philippines là quốc gia tiên phong trong việc nghiên cứu và ứng dụng công nghệ sinh học (CNSH) trong nông nghiệp, đặc biệt là nghiên cứu và phát triển cây trồng BĐG. Nhằm đảm bảo việc phát triển cây trồng BĐG đi đôi với bảo vệ môi trường và sức khỏe con người, từ năm 1990, Philippines đã thiết lập và vận hành một hệ thống hiệu quả nhằm quản lý ATSH đối với cây trồng BĐG từ giai đoạn nghiên cứu, khảo nghiệm hạn chế, khảo nghiệm diện rộng, trồng trọt và thương mại hóa.