Về thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất được quy định cụ thể đối với 2 trường hợp (Điều 105 của Luật Đất đai năm 2013) như sau:

Trường hợp cấp Giấy chứng nhận lần đầu cho hộ gia đình, cá nhân thì thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận là Ủy ban nhân dân cấp huyện.

Trường hợp đã được cấp Giấy chứng nhận mà người sử dụng đất thực hiện quyền hoặc cấp đổi, cấp lại Giấy chứng nhận thì do cơ quan tài nguyên và môi trường thực hiện.

Việc đề xuất chuyển Sở Tài nguyên và Môi trường hoặc Ủy ban nhân dân cấp huyện làm một đầu mối thực hiện cấp Giấy chứng nhận cho tất cả các trường hợp (kể cả cấp Giấy chửng nhận lần đầu và đăng ký biến động) dẫn đến những khó khăn trong triển khai thực hiện, chưa đáp ứng được yêu cầu cải cách thủ tục hành chính như sau:

Trường hợp cấp Giấy chứng nhận khi người sử dụng đất thực hiện quyền, cấp đổi, cấp lại Giấy chứng nhận, việc quy định chỉ một cơ quan là Ủy ban nhân dân cấp huyện thực hiện việc cấp Giấy chứng nhận sẽ dẫn đến tạo áp lực cho bộ máy hành chính nhà nước do các trường hợp này đã một lần được cơ quan hành chính nhà nước xác lập quyền.

Đối với trường hợp cấp Giấy chứng nhận lần đầu cho hộ gia đình, cá nhân thì cần sự xác lập của cơ quan hành chính nhà nước. Nếu để cơ quan tài nguyên và môi trường thực hiện sẽ dẫn đên khó khăn trong việc xác định nguồn gốc, tình trạng pháp lý của thửa đất.

Theo quy định tại số 16/2015/TTLT-BTNMT-BNV-BTC ngày 04/4/2015 hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và cơ chế hoạt động của Văn phòng đăng ký đất đai trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường thì Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành quy chế phối hợp giữa Văn phòng đăng ký đất đai, Chi nhánh Văn phòng đăng ký đất đai với Phòng Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân cấp huyện, cơ quan tài chính, cơ quan thuế và các cơ quan, đơn vị khác có liên quan. Quy chế phối hợp giữa các cơ quan, đơn vị trong quá trình thực hiện giải quyết thủ tục hành chính đă giải quyết được cụ thể những băn khoăn của cử tri.